针对“垫层深挖总包方事后不认可，如何鉴定”这一问题，核心在于通过专业鉴定程序明确施工内容是否符合合同约定或行业规范，并固定证据以支持后续维权。以下是具体分析：

1. 明确争议焦点：总包方不认可的具体内容

• 施工范围：总包方是否否认垫层深挖的工程量（如深度、面积）？
• 施工质量：是否质疑垫层施工不符合设计要求（如材料、压实度）？
• 合同依据：是否主张垫层深挖未在合同中约定，或属于变更内容未确认？ 建议：先通过书面函件要求总包方明确不认可的具体理由，以便针对性准备证据。

2. 鉴定程序的关键步骤

• 启动鉴定：
  • 协商委托：双方共同选定有资质的第三方鉴定机构（如建设工程检测中心、造价咨询公司），签订委托协议明确鉴定范围（如工程量、质量）。
  • 单方委托：若协商无果，可向法院申请司法鉴定，由法院指定机构进行。
• 鉴定内容：
  • 工程量鉴定：通过现场测量、施工记录、设计图纸等，核实垫层深挖的实际深度、面积是否与合同或变更单一致。
  • 质量鉴定：检测垫层材料（如混凝土强度、砂石级配）、压实度等是否符合规范。
  • 因果关系鉴定：若总包方主张垫层问题导致后续工程损坏，需鉴定两者是否存在因果关系。
• 鉴定依据：
  • 合同文件（如施工图纸、技术规范、变更单）；
  • 施工过程中的签证单、验收记录、材料检测报告；
  • 行业规范（如《建筑地基基础工程施工质量验收标准》GB50202）。

3. 证据固定与维权路径

• 施工过程证据：
  • 保留施工日志、照片、视频等证明实际施工情况；
  • 收集与总包方的沟通记录（如邮件、微信、会议纪要），证明对方曾认可施工内容。
• 合同履行证据：
  • 若垫层深挖属于合同内工作，提供合同条款；
  • 若为变更内容，提供变更单或总包方书面确认文件。
• 维权方式：
  • 协商：以鉴定报告为依据，与总包方谈判结算或赔偿；
  • 诉讼/仲裁：若协商无果，可依据鉴定结果起诉总包方支付工程款或赔偿损失。

4. 风险提示

• 鉴定费用：通常由申请方垫付，最终由责任方承担（如总包方败诉）；
• 鉴定时效：部分鉴定需现场取样或长期观测，可能延长纠纷解决周期；
• 证据缺失风险：若施工过程未留存足够证据，鉴定结论可能不利。

总结：建议优先通过协商委托鉴定明确争议事实，同时全面收集施工及合同证据。若总包方仍不认可，可依法申请司法鉴定并启动诉讼程序。如有进一步细节（如合同条款、总包方具体异议点），可提供更多信息以便针对性分析。