员工上下班发生事故，公司是否需要赔偿以及是否合法，主要取决于事故是否被认定为工伤以及公司是否为员工缴纳了工伤保险。以下是对这一问题的详细分析：
一、认定为工伤的情况
条件：
- 根据《工伤保险条例》第十四条第六款，员工在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故伤害，应认定为工伤。这意味着，如果事故责任主要不在员工，且发生在上下班途中，那么该事故应被视为工伤。
赔偿责任：
- 医疗费用：包括治疗费、住院费等，通常由工伤保险支付。若公司未缴纳工伤保险，则需公司自行承担。
- 停工留薪期工资：员工因工伤暂停工作期间，公司应按原工资福利待遇支付工资，最长不超过24个月（含延长）。
- 伤残津贴：对于因工致残的员工，根据伤残等级，公司需支付相应的伤残津贴或安排适当工作。
- 一次性伤残就业补助金：员工因工致残且解除劳动关系时，公司需支付一次性伤残就业补助金。
二、不认定为工伤的情况
条件：
- 如果员工本人承担主要责任或全部责任，或事故非发生在上下班合理时间、路线上等，则该事故不被认定为工伤。
公司责任：
- 在此情况下，公司通常无需基于工伤进行赔偿。但若公司存在过错（如提供故障交通工具）或有相关承诺，则可能需承担民事赔偿责任。
三、公司无需赔偿的情况
员工单方事故或负主要责任：
非工作时间或非工作原因：
- 若事故并非发生在上下班途中或与工作无关，公司亦无需承担责任。
四、赔偿流程与注意事项
赔偿流程：
- 送医治疗并保存好相关证据材料，如医疗费用票据、诊断证明等。
- 等待交通事故责任划分结果，以确定员工是否承担主要责任。
- 若符合工伤认定条件，公司应在规定时间内申请工伤认定。
- 员工伤情稳定后，向劳动能力鉴定委员会申请鉴定，以确定伤残等级。
- 根据鉴定结果，携带相关资料申请工伤保险待遇或向公司主张赔偿。
注意事项：
- 妥善保管所有与事故相关的证据材料，以便在后续处理中提供有力支持。
- 如与责任方就赔偿事宜无法达成一致，员工有权通过法律途径解决争议，如提起民事诉讼或申请劳动仲裁。
五、法律建议
对于公司：
- 应依法为员工缴纳工伤保险，以降低因工伤事故而产生的经济风险。
- 在员工发生事故后，应积极协助员工处理后续事宜，如申请工伤认定、办理理赔手续等。
对于员工：
- 应了解自己的权益和义务，如及时报案、就医并保存好相关证据材料。
- 在符合工伤认定条件时，应积极申请工伤认定并享受相应的工伤保险待遇。
总结来说，员工上下班发生事故时，公司是否承担赔偿责任需综合考虑多种因素，包括事故是否被认定为工伤、公司是否为员工缴纳了工伤保险以及公司是否存在过错等。因此，建议公司和员工都应充分了解相关法律法规，确保在发生事故时能够依法处理，维护双方的合法权益。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。