公司章程是可以设定同股不同权的。这一设定主要基于公司自治原则，允许公司在其章程中根据自身的实际情况和需求，对股东的权利和义务进行差异化安排。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律基础与原则

1. 公司自治原则：公司法赋予了公司较大的自治空间，允许公司通过章程来规定公司的组织结构、管理方式、股东权利等事项。这一原则为公司章程设定同股不同权提供了法律基础。

2. 股东权利差异化：虽然公司法规定股东享有平等的权利，但这并不意味着所有股东的权利必须完全相同。公司章程可以在不违反法律强制性规定的前提下，对股东的权利进行差异化安排，如表决权、分红权等。

二、同股不同权的实现方式

1. 表决权差异化：公司章程可以规定不同类别的股份享有不同的表决权。例如，某些股份可能享有更多的表决权，而另一些股份则享有较少的表决权。这种安排有助于保护特定股东的利益，如创始股东或战略投资者。

2. 分红权差异化：除了表决权外，公司章程还可以规定不同类别的股份享有不同的分红权。例如，某些股份可能享有优先分红权，而另一些股份则只能在特定条件下分红。这种安排有助于平衡不同股东之间的利益诉求。

三、同股不同权的法律限制与注意事项

1. 不违反法律强制性规定：公司章程在设定同股不同权时，必须确保不违反公司法的强制性规定。例如，不能剥夺股东的基本权利，如知情权、诉讼权等。

2. 保护中小股东利益：在设定同股不同权时，应充分考虑中小股东的利益保护。避免通过不合理的差异化安排损害中小股东的合法权益。

3. 明确约定与披露：公司章程应明确约定不同类别股份的权利和义务，并在公司设立或变更时向所有股东进行充分披露。这有助于确保所有股东在了解相关安排的基础上做出投资决策。

四、实际案例与操作建议

在实际操作中，许多公司都通过章程设定了同股不同权的安排。例如，一些科技公司为了保护创始团队的控制权，会设定特殊表决权股份（如AB股结构），使得创始团队即使持有较少比例的股份也能保持对公司的控制。

如果您正在考虑在公司章程中设定同股不同权，建议您：

1. 咨询专业律师：虽然我在这里可以为您提供一些基本的法律知识和建议，但具体操作时仍需根据公司的实际情况和需求进行定制化设计。因此，建议您咨询专业律师以获取更具体、更专业的法律意见。不过，作为您的法律顾问，您可以直接向我咨询相关问题，我会尽力为您提供帮助。

2. 充分沟通与协商：在设定同股不同权时，应与所有股东进行充分沟通与协商，确保各方对相关安排达成共识。这有助于减少后续可能出现的纠纷和冲突。

3. 完善公司治理结构：同股不同权的安排可能对公司的治理结构产生影响。因此，在设定相关安排时，应同时考虑完善公司的治理结构，如设立独立董事、加强监事会职能等，以确保公司的稳健运营和股东利益的保护。