在违建整治行政处罚案件调查过程中，若当事人不配合且无法入户取证，但案件已经立案，可以采取以下措施来推进案件的调查和处理：

1. 利用外部证据：

   • 尽管无法直接入户取证，但可以尝试收集其他外部证据来证明违建的存在。这包括但不限于卫星遥感图像、无人机拍摄的照片或视频、相邻建筑物的监控录像、目击者的证言等。
   • 这些外部证据可以形成完整的证据链，证明违建的事实，即使没有直接入户获取的证据，也能支持行政处罚的决定。

2. 依法采取强制措施：

   • 根据相关法律法规，如果当事人拒绝配合调查，行政机关有权依法采取必要的强制措施，如强制进入现场进行勘查、查封违建等。
   • 在采取强制措施前，应确保已经履行了必要的法律程序，如发出责令改正通知书、进行听证等，以确保程序的合法性和正当性。

3. 申请法院协助：

   • 如果行政机关认为有必要，可以向人民法院申请协助执行，如申请法院强制执行勘查、查封等措施。
   • 法院在审查后，如果认为申请合法且有必要，会出具相应的执行文书，支持行政机关的调查工作。

4. 完善立案后的调查程序：

   • 立案后，应继续完善调查程序，包括制作详细的调查笔录、收集相关证据材料、对违建进行勘验和测量等。
   • 即使无法直接入户，也应尽可能通过其他方式获取违建的相关信息，如建筑物的结构、面积、用途等，以便为后续的行政处罚提供依据。

5. 考虑当事人的合法权益：

   • 在推进案件调查的同时，也应充分考虑当事人的合法权益，确保调查程序的合法性和正当性。
   • 如果当事人对违建整治有异议或提出合理的解释和证据，行政机关应认真听取并予以考虑，确保行政处罚的公正性和合理性。

6. 加强与当事人的沟通：

   • 尽管当事人目前不配合，但行政机关仍应尝试与其进行沟通，解释违建整治的必要性和法律依据，争取其理解和配合。
   • 通过沟通，可能能够化解当事人的抵触情绪，促使其主动配合调查工作，从而更高效地推进案件的处理。