员工违反公司纪律时，通常是由公司进行调查，而非工会。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
公司调查的依据与合理性：
- 管理权：公司作为雇主，拥有对员工的管理权，这包括制定和执行公司规章制度、监督员工行为以及处理违纪行为等。因此，当员工违反公司纪律时，公司有权进行调查，以了解事实真相，并依据规章制度作出相应处理。
- 效率与专业性：公司通常具备更直接、更专业的调查手段和资源，能够更迅速地收集证据、了解情况，并作出公正、合理的处理决定。这有助于维护公司的正常运营秩序和员工的合法权益。
工会的角色与职责：
- 代表与维护：工会是员工利益的代表者和维护者，其主要职责是代表员工与公司进行协商、谈判，维护员工的合法权益，如工资、福利、工作条件等。
- 监督与参与：虽然工会不直接负责调查员工违纪行为，但它有权对公司的管理行为进行监督，确保公司的处理决定合法、公正。在必要时，工会可以参与调查过程，提供意见和建议，但通常不承担主要的调查责任。
特殊情况下的工会调查：
- 特定程序要求：在某些特定情况下，如涉及员工重大权益或公司处理决定存在争议时，工会可能会根据相关法律法规或公司规章制度的要求，参与或主导调查过程。但这并非普遍情况，而是基于特定程序或协议的要求。
- 员工申请：如果员工认为公司的调查过程存在不公正或违法行为，他们可以向工会提出申请，要求工会介入调查。在这种情况下，工会可能会根据员工的申请和实际情况，决定是否参与调查。
法律建议与注意事项：
- 遵守规章制度：公司应制定明确、合理的规章制度，并确保员工了解并遵守这些规定。在调查员工违纪行为时，公司应遵循法定程序，确保调查的合法性和公正性。
- 保护员工权益：在调查过程中，公司应尊重员工的合法权益，如隐私权、申辩权等。避免采取过激或非法的调查手段，以免侵犯员工的权益并引发法律纠纷。
- 工会沟通与协作：公司应与工会保持良好的沟通与协作关系，共同维护员工的合法权益和公司的正常运营秩序。在涉及员工违纪行为的调查和处理过程中，公司应充分听取工会的意见和建议，确保处理决定的合法性和公正性。
综上所述，员工违反公司纪律时，通常是由公司进行调查。然而，在特定情况下或根据特定程序的要求，工会可能会参与或主导调查过程。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。