建议写协议。农村房子归儿子这一安排，从法律风险防范和家庭关系维护的角度，写协议都是更为稳妥的做法，以下从不同方面为你详细分析：

从法律层面

1. 明确产权归属：虽然农村房子可能基于传统观念或家庭内部约定归儿子，但如果没有书面协议，在遇到拆迁、继承等涉及重大利益的情况时，容易引发产权纠纷。例如，其他子女可能主张对房子享有权利，或者存在多个继承人时，对房子的分配产生争议。而书面协议可以清晰地表明房子的归属，避免这种纠纷的发生。
2. 保障交易安全：如果儿子日后有出售、抵押该农村房子的打算，有书面协议可以证明其对房子拥有合法的处分权。在房屋交易过程中，买方或抵押权人通常会要求查看相关的产权证明和协议，以确保交易的合法性和安全性。没有书面协议，可能会影响交易的顺利进行，甚至导致交易无效。
3. 符合法律规定：根据《民法典》等相关法律法规，民事法律行为可以采用书面形式、口头形式或者其他形式。但对于涉及重大财产权益的处分，书面形式更有利于明确各方的权利和义务，减少纠纷的发生。农村房子作为家庭的重要财产，通过书面协议进行约定，更符合法律的要求和精神。

从家庭层面

1. 避免家庭矛盾：家庭内部对于房产的归属问题，往往容易引发矛盾和纷争。通过签订书面协议，可以提前将各方的意见和想法明确下来，避免日后因为房产问题产生不必要的争吵和冲突，维护家庭关系的和谐稳定。
2. 尊重各方意愿：在签订协议的过程中，可以让家庭成员充分表达自己的意见和想法，确保协议的内容是各方真实意愿的体现。这样不仅可以增强协议的合法性和有效性，也可以让家庭成员感受到被尊重和重视，减少心理上的不满和抵触情绪。

协议内容建议

1. 房屋基本信息：包括房屋的坐落位置、面积、结构、建造时间等详细信息，确保协议所涉及的房屋是明确无误的。
2. 产权归属约定：明确说明该农村房子归儿子所有，其他家庭成员不得对该房子主张权利。
3. 各方权利义务：可以约定在房子归儿子所有后，儿子对房屋的维护、管理责任，以及其他家庭成员在使用房子时的权利和限制等。
4. 违约责任：如果一方违反协议的约定，应承担相应的违约责任，以保障协议的严肃性和可执行性。
5. 争议解决方式：约定在发生争议时，双方应通过协商、调解等方式解决；协商、调解不成的，可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。

如果你在签订协议的过程中遇到任何问题，或者需要进一步了解相关的法律知识，都可以随时向我咨询。