公职人员收取1000元工程回扣属于违法行为，可能面临纪律处分、行政处罚甚至刑事责任，具体处理方式需结合情节严重程度判断。以下是详细分析：

1. 纪律处分层面

根据《中华人民共和国公职人员政务处分法》第三十四条，公职人员收受可能影响公正行使公权的礼品、礼金、消费卡等财物，若数额较小（如1000元），可能面临警告、记过或记大过的政务处分。

• 关键点：即使金额未达刑事立案标准，仍可能因违反廉洁纪律被单位内部追责，影响职务晋升、评优等。

2. 行政处罚层面

若回扣行为被认定为“利用职务便利为他人谋取利益并收受财物”，可能违反《中华人民共和国行政处罚法》中关于“滥用职权”或“谋取不正当利益”的规定，面临罚款、没收违法所得等处罚。

• 例外情形：若1000元属于“人情往来”且无谋利行为，可能不构成行政违法，但需举证证明无利益关联。

3. 刑事责任层面

根据《中华人民共和国刑法》第三百八十五条，受贿罪的立案标准为3万元以上，但存在以下情形时，1000元也可能被追责：

• 多次受贿：累计金额达3万元；
  
• 特定情节：如为他人谋取不正当利益、造成重大损失或恶劣影响；
  
• 特殊主体：若公职人员属于“国家工作人员”（如国企管理人员），可能适用更严格的追责标准。
  
• 结果：若构成犯罪，可能面临三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金。

4. 实务建议

• 对公职人员：立即退还钱款，主动向单位纪检部门说明情况，争取从轻处理；若已无法退还，需配合调查并如实陈述事实。
  
• 对工程方：若被索要回扣，可保留转账记录、聊天记录等证据，向纪检监察机关举报（如通过12388举报平台），避免成为行贿共犯。
  
• 对单位：应启动内部调查程序，必要时移送司法机关，同时完善工程招标、资金监管等制度，防范类似风险。

总结：1000元回扣虽金额较小，但公职人员身份使其具有特殊性，可能触发纪律、行政或刑事责任。具体处理需结合行为性质、情节轻重及证据情况综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。