确认自然资源局签订国有建设用地交地确认书行为违法的案由，主要可能涉及以下几个方面：
程序违法：
- 未依法履行告知义务：如果自然资源局在签订交地确认书前，未按照法定程序向相关权利人（如土地使用权人、地上附着物所有权人等）履行告知义务，导致相关权利人未能及时行使自己的权利，可能构成程序违法。
- 未依法组织听证：在涉及重大利益调整的情况下，如果自然资源局未依法组织听证，听取相关权利人的意见和建议，也可能构成程序违法。
- 未依法进行公告：对于需要公告的事项，如土地征收、土地出让等，如果自然资源局未依法进行公告，或者公告内容不完整、不准确，导致相关权利人未能及时了解相关信息，同样可能构成程序违法。
实体违法：
- 超越职权：如果自然资源局在签订交地确认书时，超越了其法定职权范围，如未经批准擅自改变土地用途、未经审批擅自出让土地等，则构成实体违法。
- 违反法律法规强制性规定：如果交地确认书的内容违反了法律法规的强制性规定，如违反土地管理法、城乡规划法等相关法律法规的规定，则该确认书可能因违法而无效。
- 损害国家、集体或第三人利益：如果签订交地确认书的行为损害了国家、集体或第三人的利益，如低价出让土地、未依法补偿地上附着物所有权人等，则该行为可能因违法而受到法律制裁。
其他违法情形：
- 滥用职权：如果自然资源局在签订交地确认书时存在滥用职权的行为，如利用职权谋取私利、故意刁难相关权利人等，则该行为可能构成滥用职权违法。
- 玩忽职守：如果自然资源局在签订交地确认书时未尽到应有的注意义务，导致相关权利人遭受损失，如未对土地进行实地勘察、未对地上附着物进行评估等，则该行为可能构成玩忽职守违法。
在具体案件中，要确定自然资源局签订国有建设用地交地确认书行为是否违法，需要结合具体事实和相关法律法规进行综合分析。如果认为该行为违法，可以向相关部门提出行政复议或向人民法院提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
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