结论前置：自然资源挂牌出让后签订确认书但未签订土地出让合同的土地纠纷，法院是可以受理的。不过，具体处理方式和结果会因案件具体情况而有所不同。以下从多个角度进行详细分析：
法律关系的认定：
- 挂牌出让确认书通常被视为双方就土地出让事宜达成的一种初步意向或协议，它表明了出让方和受让方在土地出让上的基本共识。然而，确认书本身并不等同于土地出让合同，它缺乏合同所应具备的详细条款和具体约定。
- 在法律上，合同是双方意思表示一致并具备法定形式要件的协议。土地出让合同作为要式合同，需要满足特定的形式和内容要求，如明确土地的位置、面积、用途、出让年限、出让金及支付方式等。
- 若双方仅签订了确认书而未签订正式的土地出让合同，但确认书中已包含了土地出让的主要条款，且双方已实际履行了部分或全部义务（如支付出让金、交付土地等），则法院可能会根据实际情况认定双方之间存在事实上的土地出让合同关系。
法院受理的条件：
- 法院受理土地纠纷案件，主要审查的是案件是否属于其管辖范围、原告是否具有诉讼主体资格、被告是否明确以及诉讼请求是否具体等。
- 在自然资源挂牌出让后签订确认书但未签订土地出让合同的纠纷中，只要原告能够提供初步证据证明其与案件有利害关系，且被告明确、诉讼请求具体，法院通常会予以受理。
可能的处理结果：
- 若法院认定双方之间存在事实上的土地出让合同关系，且该合同关系合法有效，则法院可能会根据合同法的相关规定，判决双方继续履行合同、承担违约责任或解除合同等。
- 若法院认定双方之间不存在事实上的土地出让合同关系，或者合同关系因违反法律、行政法规的强制性规定而无效，则法院可能会驳回原告的诉讼请求，或者根据具体情况判决双方返还已取得的财产、赔偿损失等。
建议与注意事项：
- 对于涉及自然资源挂牌出让的土地纠纷，建议当事人在签订确认书后，尽快与对方协商签订正式的土地出让合同，以明确双方的权利和义务，避免后续纠纷的发生。
- 若已发生纠纷，建议当事人及时收集相关证据，如确认书、付款凭证、土地交付证明等，以便在诉讼中维护自己的合法权益。
- 在处理此类纠纷时，当事人还可以考虑通过调解、仲裁等非诉讼方式解决争议，以节省时间和成本。
进一步思考：在处理自然资源挂牌出让后签订确认书但未签订土地出让合同的土地纠纷时，法院会综合考虑多种因素来认定双方之间的法律关系和处理结果。因此，当事人在处理此类纠纷时，应充分了解相关法律法规和司法实践，以便更好地维护自己的合法权益。若您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。