法院确实有可能判决当事人与自然资源和规划局签订的土地出让合同无效，但这需要依据具体的法律条款和案件事实来判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、合同无效的法律依据
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同无效的情形主要包括以下几种：
无民事行为能力人实施的民事法律行为无效：如果签订土地出让合同的当事人一方或双方为无民事行为能力人，那么该合同自始无效。
行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效：如果双方签订土地出让合同并非出于真实意愿，而是基于欺诈、胁迫等手段，那么该合同也可能被认定为无效。
违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效：土地出让合同必须遵守国家关于土地管理的法律法规，如果合同内容违反了这些强制性规定，如未经批准擅自转让土地使用权、改变土地用途等，那么该合同将被认定为无效。
违背公序良俗的民事法律行为无效：如果土地出让合同的内容违背了社会公共利益或道德准则，如涉及非法交易、损害国家利益等，那么该合同也可能被认定为无效。
二、土地出让合同的特殊性
土地出让合同作为涉及国家土地资源的特殊合同，其签订和履行受到更为严格的法律监管。自然资源和规划局作为土地出让方，必须确保出让的土地符合法律法规的规定，且出让程序合法合规。如果自然资源和规划局在出让土地过程中存在违法行为，如未依法进行土地评估、未公开出让信息等，那么签订的土地出让合同也可能因违法而无效。
三、法院判决合同无效的考量因素
法院在判决土地出让合同是否无效时，会综合考虑以下因素：
合同内容的合法性：法院会审查土地出让合同的内容是否违反了国家法律法规的强制性规定。
签订程序的合规性：法院会审查土地出让合同的签订程序是否合法合规，包括是否经过必要的审批、是否公开出让信息等。
当事人的真实意愿：法院会审查双方签订土地出让合同是否出于真实意愿，是否存在欺诈、胁迫等情形。
社会公共利益：法院会考虑土地出让合同的签订和履行是否损害了社会公共利益或国家利益。
四、实际案例与启示
在实际案例中，法院判决土地出让合同无效的情况并不罕见。例如，如果自然资源和规划局未经批准擅自将农用地转为建设用地并出让给当事人，那么该土地出让合同就可能因违反法律法规的强制性规定而被法院认定为无效。这提醒我们，在签订土地出让合同时，必须确保合同内容的合法性和签订程序的合规性，以避免因违法而导致的合同无效风险。
总结与建议：
法院判决当事人与自然资源和规划局签订的土地出让合同无效是有可能的，但具体是否无效需依据法律条款和案件事实来判断。如果你面临类似情况或对此有疑问，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律分析和建议。