土地自然资源违法责任人的认定，主要依据实施违法行为的主体及其法律责任承担能力来确定。具体来说，可以从以下几个方面进行详细分析：
一、违法责任主体的基本认定原则
违法责任主体应当是实施违法行为并且能够独立承担法律责任的自然人、法人或者其他组织。这意味着，在认定违法责任人时，首先要确定是谁实施了违法行为，其次要判断该主体是否具备独立承担法律责任的能力。
二、不同主体的认定标准
自然人：
- 如果当事人是自然人，那么该自然人即为违法责任主体。例如，某个个人未经批准擅自占用土地进行建设，那么该个人就是违法责任人。
法人：
- 如果当事人是法人（包括企业法人、机关法人、事业单位法人等），那么该法人即为违法责任主体。例如，某公司未经批准擅自改变土地用途，那么该公司就是违法责任人。
- 对于不具有独立法人资格的分公司、内设机构、派出机构、临时机构等实施违法行为的，设立该机构的法人为违法责任主体。例如，某公司的分公司未经批准擅自占用土地，那么该公司（而非分公司）是违法责任人。
其他组织：
- 如果当事人是其他组织，且能够独立承担法律责任，那么该组织即为违法责任主体。例如，某合伙企业未经批准擅自开采矿产资源，那么该合伙企业就是违法责任人。
- 如果不能独立承担法律责任，创办该组织的单位或者个人为违法责任主体。例如，某个人未经批准设立了一个非法人组织进行土地开发，那么该个人就是违法责任人。
受委托或雇佣的主体：
- 受委托或者雇佣的自然人、法人或者其他组织在受委托或者雇佣的工作范围内实施自然资源违法行为，并且能够证明委托或者雇佣关系及委托或者雇佣工作范围的，应当认定委托人或者雇佣人为违法责任主体。例如，某公司雇佣某施工队进行土地开发，但施工队未经批准擅自改变了土地用途，且能够证明雇佣关系及工作范围，那么该公司（而非施工队）是违法责任人。
共同违法责任主体：
- 同一违法行为有两个以上当事人的，应当认定为共同违法责任主体。例如，某两个个人共同未经批准擅自占用土地进行建设，那么这两个个人就是共同违法责任人。
三、实际操作中的注意事项
- 证据收集：在认定违法责任人时，需要收集充分的证据来证明是谁实施了违法行为以及该主体的法律责任承担能力。这包括现场勘查记录、证人证言、相关书证等。
- 法律适用：在认定过程中，需要准确适用相关法律法规，如《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国矿产资源法》等，以确保认定的合法性和准确性。
- 程序合规：认定违法责任人需要遵循法定的程序和要求，如立案、调查取证、审查决定等环节，以确保程序的公正性和透明性。
建议：在实际操作中，如果遇到复杂的土地自然资源违法案件，建议及时咨询专业律师或相关执法部门，以确保案件的合法性和公正性处理。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。