结论：公司涉嫌诈骗案件中，底层员工若在不知情的情况下参与，并已全额退还提成，其刑事责任需结合具体案情判断，可能面临无罪、减轻处罚或免除处罚等不同结果。以下从不同角度详细分析：
一、不知情是否构成犯罪的关键因素
主观故意认定：
- 诈骗罪要求行为人具有非法占有的主观故意。若底层员工确实不知情，即没有诈骗的故意，且未参与诈骗行为的策划、实施或掩盖，则不构成诈骗罪的共犯。
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》第二十五条，共同犯罪是指二人以上共同故意犯罪。若缺乏共同故意，则不构成共同犯罪。
客观行为分析：
- 需考察底层员工的具体行为，如是否仅执行常规工作、是否接触诈骗核心环节、是否对诈骗行为有认知等。
- 示例：若员工仅负责接听电话、整理文件等常规工作，且未被告知公司实际从事诈骗活动，则其行为可能不构成犯罪。
二、全额退还提成的影响
量刑情节：
- 若底层员工被认定构成犯罪，全额退还提成可作为量刑情节考虑，可能体现其悔罪态度，从而影响刑罚的轻重。
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》第六十七条，犯罪以后自动投案，如实供述自己的罪行的，是自首。对于自首的犯罪分子，可以从轻或者减轻处罚。其中，犯罪较轻的，可以免除处罚。虽不构成自首，但全额退赃也可视为悔罪表现，影响量刑。
退赃与犯罪构成的关系：
- 退赃本身不改变犯罪构成，但可能影响犯罪的形态（如既遂与未遂）或量刑。
- 示例：若员工在诈骗既遂后退赃，仍构成犯罪，但量刑时可能从轻；若在诈骗未遂前退赃，且未造成实际损失，可能不构成犯罪或构成犯罪未遂。
三、不同情况下的法律后果
完全不知情且未参与诈骗行为：
- 法律后果：不构成犯罪，无需承担刑事责任。
- 建议：保留相关证据（如工作记录、同事证言等），以证明自己确实不知情且未参与诈骗行为。
部分知情但未直接参与诈骗行为：
- 法律后果：可能构成犯罪，但情节较轻，可从轻或减轻处罚。
- 建议：积极配合调查，如实陈述事实，全额退还提成，并争取自首或立功情节。
明知公司从事诈骗活动仍参与：
- 法律后果：构成诈骗罪的共犯，需承担相应的刑事责任。
- 建议：立即停止参与诈骗行为，全额退还提成，并争取自首或立功情节，以减轻处罚。
四、后续行动建议
保留证据：
- 保留与案件相关的所有证据，如工作记录、聊天记录、转账记录等，以证明自己的不知情或悔罪态度。
积极配合调查：
- 如实向公安机关陈述事实，不隐瞒、不谎报，以体现自己的悔罪态度。
咨询专业律师：
- 鉴于案件的复杂性和法律后果的严重性，建议尽快咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和辩护策略。
最后，每个案件的具体情况都有所不同，法律后果也会因案而异。因此，在处理此类案件时，务必保持谨慎和理性，及时咨询专业律师并积极配合调查。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。