公司不能偷偷拿员工残疾证办违法的事，这是明确违法的行为。以下从几个角度为你详细分析：
法律层面
侵犯个人隐私与信息保护：残疾证属于员工的个人敏感信息，受到《中华人民共和国个人信息保护法》等相关法律法规的严格保护。公司未经员工同意，擅自获取并使用其残疾证信息，已经侵犯了员工的个人隐私权。
违法使用证件的法律责任：如果公司利用员工的残疾证进行违法活动，如骗取国家补贴、逃避税收等，这不仅违反了《中华人民共和国残疾人保障法》中关于保护残疾人权益的规定，还可能触犯《中华人民共和国刑法》中的相关条款，如诈骗罪、逃税罪等，公司将面临严重的法律制裁。
劳动法保护：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工有权保护自己的个人信息和隐私不受侵犯。公司不得以任何理由非法获取、使用或泄露员工的个人信息，否则员工有权向劳动监察部门投诉或提起诉讼。
实际后果层面
对员工的影响：如果公司偷偷使用员工的残疾证进行违法活动，一旦被发现，员工可能会因此受到牵连，甚至面临法律责任。这不仅会影响员工的个人声誉，还可能对其未来的就业和生活造成严重影响。
对公司的影响：公司一旦被发现存在此类违法行为，将面临严重的法律后果，包括罚款、吊销营业执照等。同时，公司的声誉和信誉也将受到极大损害，可能导致客户流失、合作伙伴终止合作等严重后果。
建议与措施
加强员工教育：公司应加强对员工的教育和培训，提高员工的法律意识和隐私保护意识，让员工了解自己的权益和义务。
完善内部管理：公司应建立健全的内部管理制度，明确员工信息的获取、使用和保护流程，确保员工信息的安全和合法使用。
及时投诉与举报：如果员工发现公司存在偷偷使用其残疾证进行违法活动的行为，应及时向劳动监察部门投诉或向公安机关举报，以维护自己的合法权益。
总结来说，公司不能偷偷拿员工残疾证办违法的事，这是明确违法的行为。公司应严格遵守相关法律法规，保护员工的个人信息和隐私不受侵犯。如果员工遇到此类问题，应及时向我咨询或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。