结论：按31天计算工资是否合法，需根据具体情况判断，并非绝对合法或非法。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律依据与标准计薪天数
法律依据：
- 根据《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》，月计薪天数为21.75天，这是计算日工资的标准计薪天数。这一规定旨在确保工资计算的公平性和一致性，避免因月份天数差异而导致的不公平现象。
- 《劳动法》并未具体指明月工资应如何分配到每一天，但允许用人单位根据内部规章制度或劳动合同约定计算方法，只要不违反法律强制性规定即可。
标准计薪天数的应用：
- 在大多数情况下，用人单位应按照21.75天来计算日工资，以确保工资计算的公平性和合法性。如果用人单位每月固定按照31天来计算日工资，可能会低于按照21.75天计算的结果，尤其在处理缺勤扣除或加班工资时，可能损害劳动者权益。
二、具体情况分析
标准工时制下的情况：
- 在标准工时制下，如果用人单位每月固定按照31天来计算日工资，且未考虑法定节假日、休息日等因素，这种做法可能不符合法律规定的计薪标准，从而损害劳动者权益。例如，若某月有法定节假日或休息日，劳动者实际出勤天数少于31天，但用人单位仍按月工资除以31天计算日工资，则劳动者可能因缺勤而被扣除过多工资，或加班工资计算不足。
特殊情况下的合理性：
- 当月全勤且无休息日：若某月劳动者全勤且无休息日（这种情况极为罕见），用人单位按月工资除以31天计算日工资，从公平计算劳动报酬角度看是合理的。但这种情况几乎不存在，因为即使是最忙碌的月份，也会有法定节假日或休息日。
- 非标准工时制且有约定：对于实行非标准工时制的岗位（如综合计算工时制或不定时工作制），如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了按每月实际天数计算日工资，且这种约定不违反法律强制性规定，保障了劳动者的正常休息休假权利和最低工资标准，那么这种计算方式可能合法有效。但这种情况需要具体分析，且用人单位需承担举证责任，证明其计算方式的合理性和合法性。
三、合法性与合理性考量
合法性：
- 用人单位的工资计算方式只要不违反劳动法的强制性规定（如最低工资标准、加班费支付等），并在劳动合同或内部规章制度中明确告知员工，即可视为合法。如果用人单位未按照法律规定或合同约定计算工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身权益。
合理性：
- 建议用人单位在制定工资计算方式时，充分考虑月份天数差异和员工利益，确保工资计算的公平性和透明度。例如，可根据当月实际出勤天数或应出勤天数（考虑法定节假日、休息日等因素）来计算日工资。这样既能保障劳动者的合法权益，又能避免用人单位因计算方式不当而引发的劳动争议。
四、员工权益保护
- 如果员工认为用人单位的工资计算方式侵害了自己的合法权益，应与用人单位协商解决；协商不成的，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身权益。在投诉或申请仲裁时，员工需提供相关证据（如劳动合同、工资条、考勤记录等）来证明用人单位的计算方式存在不当之处。
总结与建议：按31天计算工资是否合法需根据具体情况判断。在标准工时制下，这种做法可能不符合法律规定的计薪标准；在特殊情况下（如非标准工时制且有约定），可能合法有效。但无论如何，用人单位都应确保工资计算方式的公平性和透明度，充分保障劳动者的合法权益。如果员工对工资计算方式有疑问或认为自己的权益受到侵害，应及时向用人单位提出并寻求解决方案；必要时可寻求法律援助或向相关部门投诉。