违反国家相关部委要求的协议，其处理方式需根据协议的具体内容、违反要求的性质及后果等因素综合判断，一般可采取以下几种处理方式：

1. 协议无效或部分无效：

   • 若协议内容直接违反了国家相关部委的强制性规定或禁止性规定，根据《民法典》的相关规定，此类协议或协议中的相关条款可能被认定为无效。无效的协议自始不具有法律效力，当事人无需履行，且可能需承担因协议无效而产生的法律责任，如返还财产、赔偿损失等。

2. 协议可撤销：

   • 若协议是在一方欺诈、胁迫或乘人之危的情况下签订，且违反了国家相关部委的要求，受损方有权请求人民法院或仲裁机构撤销该协议。撤销后，协议自始无效，双方需恢复原状，并可能需承担因撤销而产生的法律责任。

3. 协议修改或补充：

   • 若协议部分内容违反了国家相关部委的要求，但整体协议仍具有履行价值，且双方同意修改或补充协议以符合法律法规要求，则可通过协商对协议进行修改或补充。修改或补充后的协议应重新获得双方的认可，并具备法律效力。

4. 行政处罚与民事责任：

   • 违反国家相关部委要求的协议，除了可能面临协议无效、可撤销或修改补充等民事法律后果外，还可能受到相关行政部门的处罚。如罚款、没收违法所得、责令停业整顿等。同时，若因违反协议给第三方造成损失，违约方还需承担民事赔偿责任。

5. 刑事责任：

   • 在极端情况下，若违反国家相关部委要求的协议涉及犯罪行为，如合同诈骗、非法经营等，相关责任人还可能面临刑事追究。刑事责任是最为严厉的法律责任，包括有期徒刑、罚金等。

在处理违反国家相关部委要求的协议时，建议采取以下步骤：

• 审查协议内容：仔细审查协议条款，确定哪些部分违反了国家相关部委的要求。
• 评估法律后果：根据违反要求的性质及后果，评估协议可能面临的法律后果，包括无效、可撤销、修改补充、行政处罚、民事责任或刑事责任等。
• 协商与调解：在可能的情况下，与对方进行协商或寻求第三方调解，以达成双方都能接受的解决方案。
• 寻求法律救济：若协商或调解无果，可依法向人民法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，以维护自身合法权益。