结论：职工大额医疗互助保险单位缴纳部分若由个人承担并开具单位税单，通常不合法，但需结合具体缴费主体、资金流向及地方政策综合判断。以下从法律逻辑、实务操作、风险防范三个维度展开分析：
一、法律逻辑：缴费主体与税单性质的冲突
根据《社会保险法》及地方补充规定，职工大额医疗互助保险的缴费主体通常为单位与职工共同承担（部分地区由单位全额承担），其中单位缴纳部分属于法定福利支出，应由单位直接向社保机构缴纳，并计入单位成本。若单位将本应由其承担的部分转嫁给职工，并通过单位税单体现缴费记录，可能涉及以下违法点：
- 违反缴费义务分配原则：单位通过“代扣代缴”名义让职工承担单位缴费部分，实质是变相降低职工实际收入，违反《劳动法》中“用人单位不得克扣或无故拖欠劳动者工资”的规定。
- 税单性质错配：单位税单应反映单位实际支出，若单位未实际出资而仅通过职工资金“过账”，可能导致税单与实际资金流向不符，涉嫌虚增成本或逃避税务监管（如单位未将该部分支出计入应税所得）。
二、实务操作：需区分“代缴”与“转嫁”
实务中需重点审查资金流向与协议约定：
- 合法代缴情形：若单位与职工明确约定（如劳动合同或补充协议），单位代职工缴纳个人应承担部分，并通过单位账户统一划扣，此时税单虽由单位开具，但资金实际来源于职工工资扣款，不违法（但需确保职工知情且同意）。
- 违法转嫁情形：若单位未与职工协商，直接将单位应缴部分从职工工资中扣除，并开具单位税单，则构成违法克扣工资，职工可依据《劳动合同法》第38条主张解除合同并要求经济补偿。
三、风险防范：职工与单位的应对建议
- 对职工：
- 核查工资条与社保缴费记录，确认单位缴费部分是否从个人工资中扣除；
- 若发现违法转嫁，可向当地社保部门投诉（如社保稽核科）或申请劳动仲裁，要求单位补缴差额并赔偿损失。
- 对单位：
- 避免通过“过账”方式转嫁成本，单位应单独列支大额医疗互助保险费用；
- 若需职工承担部分费用，应通过合法协议明确约定，并确保工资扣款符合《工资支付暂行规定》第15条（需职工签字确认）。
提示：各地对大额医疗互助保险的缴费政策可能存在差异（如缴费比例、单位与个人分担方式），建议结合当地社保部门发布的最新文件进一步核实。若涉及具体纠纷，可提供劳动合同、工资条、社保缴费记录等材料，我将进一步分析法律风险。