结论前置：施工类国企项目亏损严重，一般情况下不会直接扣项目经理银行卡里的钱，但具体是否会扣款还需根据项目经理与公司签订的合同、公司规章制度以及亏损的具体原因等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同角度：

   • 合同约定：项目经理与公司之间通常会签订劳动合同或项目管理合同，这些合同中会明确双方的权利和义务。如果合同中明确规定了项目亏损时项目经理需要承担的经济责任，且该责任包括直接从项目经理的工资或银行卡中扣款，那么公司可能会依据合同约定进行扣款。但这种情况较为少见，因为直接扣款可能涉及侵犯个人财产权的问题，且合同条款需符合法律法规的规定。
   • 合同无效或违法条款：如果合同中的扣款条款违反了法律法规的强制性规定，如《劳动法》中关于工资支付的规定，那么该条款将被视为无效，公司不能依据该条款进行扣款。

2. 公司规章制度角度：

   • 规章制度内容：公司可能会制定内部规章制度，规定项目亏损时项目经理需要承担的责任。然而，这些规章制度必须合法合规，且经过民主程序制定并公示，才能对项目经理产生约束力。
   • 规章制度执行：即使规章制度中规定了扣款措施，公司在执行时也需谨慎。直接扣款可能涉及侵犯项目经理的财产权，因此公司通常会采取其他措施，如要求项目经理赔偿损失、调整职位或薪资等。

3. 亏损原因角度：

   • 项目经理责任：如果项目亏损是由于项目经理的过错或疏忽导致的，如管理不善、决策失误等，那么项目经理可能需要承担一定的经济责任。但这种责任通常是通过赔偿损失、扣减奖金或绩效等方式来体现，而不是直接扣款。
   • 非项目经理责任：如果项目亏损是由于市场变化、政策调整等不可抗力因素导致的，与项目经理的管理无关，那么项目经理通常不需要承担经济责任，公司也不会因此扣款。

4. 法律后果角度：

   • 违法扣款后果：如果公司未经合法程序直接扣款，项目经理可以依法维护自己的权益。根据《劳动法》等相关法律法规，公司不得无故克扣或拖欠员工的工资。项目经理可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付被扣的工资及相应的经济补偿。
   • 合法追责方式：如果公司认为项目经理需要承担经济责任，应通过合法途径进行追责，如要求项目经理签订赔偿协议、通过法律诉讼等方式解决争议。

建议：作为项目经理，在面对项目亏损时，应首先了解自己与公司签订的合同及公司规章制度中关于亏损责任的规定。如果公司提出扣款要求，应仔细审查扣款依据的合法性及合理性，并咨询专业律师的意见。如有需要，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议。