可以向运输公司主张权利，但需根据具体情况判断责任归属及追偿方式。具体分析如下：

1. 承运人责任险的保险性质与拒赔后果
   承运人责任险属于责任保险范畴，其保险标的是承运人对第三者（如乘客、货主）依法应承担的赔偿责任。若保险公司拒赔，需首先明确拒赔理由是否合法合理：

   • 若拒赔合法（如事故不属于保险范围、存在免责事由等），则承运人需自行承担对第三者的赔偿责任，此时第三者可直接向运输公司（承运人）主张权利；
     
   • 若拒赔违法（如保险公司无合理理由拒赔），承运人可通过诉讼或仲裁要求保险公司履行赔付义务，但此过程不影响第三者向运输公司主张赔偿的权利（运输公司可先行赔付后向保险公司追偿）。

2. 运输公司的责任基础
   根据《民法典》第八百三十二条（客运合同）或第八百三十三条（货运合同），承运人对运输过程中货物的毁损、灭失或旅客的伤亡承担赔偿责任，除非能证明损害是因不可抗力、货物自然性质或托运人/收货人过错造成。因此：

   • 若运输公司存在过错（如车辆故障、驾驶失误等），第三者有权直接要求运输公司赔偿，运输公司不得以保险公司拒赔为由拒绝；
     
   • 若运输公司无过错（如纯属意外事件），仍可能因合同关系或法定责任需承担赔偿，但可事后向保险公司追偿（若保险合同有效）。

3. 追偿路径与注意事项

   • 直接向运输公司主张：第三者无需等待保险公司与运输公司的纠纷解决，可直接以运输公司为被告提起诉讼或仲裁，要求赔偿损失；
     
   • 运输公司赔付后的权利：运输公司向第三者赔偿后，若保险公司拒赔无合法依据，可另行起诉保险公司要求支付保险金；
     
   • 证据保留：第三者需保留事故证据（如现场照片、医疗记录、货物价值证明等）及运输合同，以证明运输公司的责任及损失金额。

建议行动：若您作为第三者遭遇此类情况，可同时向运输公司主张赔偿并要求其说明保险公司拒赔理由；若运输公司拒绝赔付，可委托律师介入，通过法律程序确认责任并追偿。如有进一步细节需分析，可直接向我咨询。