结论：公司自行将大包装水果改贴包装后让门店销售的行为是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及食品安全、标签标识合规性以及是否构成虚假宣传或欺诈等问题。以下从不同角度详细分析：

1. 食品安全与标签标识合规性

• 核心前提：根据《中华人民共和国食品安全法》及相关规定，预包装食品的标签应当真实、准确，不得含有虚假内容，且需标明生产日期、保质期、成分或配料表等关键信息。
• 分析：
  • 若公司仅是将大包装水果分装为小包装，并如实标注原生产日期、保质期、成分等信息，且分装过程符合食品安全要求（如清洁环境、无污染操作等），则通常合法。
  • 若公司篡改生产日期、保质期（如将过期水果重新包装并标注新日期），或未标注必要信息（如成分、产地等），则违反《食品安全法》，可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得）及民事赔偿风险。
• 建议：确保分装过程符合食品安全标准，标签内容真实、完整，避免篡改或隐瞒关键信息。

2. 是否构成虚假宣传或欺诈

• 核心前提：根据《中华人民共和国消费者权益保护法》，经营者不得对商品或服务作虚假或引人误解的宣传。
• 分析：
  • 若公司通过改贴包装虚构水果品质（如将普通水果标注为“有机”“进口”）、产地（如将国产水果标注为“进口”）或等级（如将二级果标注为“一级果”），则构成虚假宣传，可能面临行政处罚（如罚款、停业整顿）及消费者索赔。
  • 若公司仅是更换包装形式（如从透明塑料袋改为纸盒），且未改变水果本身品质或信息，则通常不构成虚假宣传。
• 建议：避免在包装上使用误导性表述，确保宣传内容与实际商品一致。

3. 是否涉及商标或知识产权侵权

• 核心前提：若公司改贴的包装涉及他人商标、专利或著作权（如使用未经授权的品牌标识、图案），则可能构成侵权。
• 分析：
  • 根据《中华人民共和国商标法》《专利法》及《著作权法》，未经权利人许可，擅自使用其商标、专利或著作权作品，需承担停止侵权、赔偿损失等责任。
• 建议：确保包装设计不侵犯他人知识产权，若需使用第三方标识，应提前获得授权。

4. 其他潜在风险

• 合同风险：若公司与供应商或门店的合同中明确禁止分装或改贴包装，则擅自操作可能构成违约，需承担违约责任。
• 税务风险：分装后销售可能涉及增值税、企业所得税等税务问题，需确保合规申报。

综合建议

1. 合规审查：在改贴包装前，全面审查食品安全、标签标识、宣传内容及知识产权合规性，必要时咨询市场监管部门或律师。
2. 完善流程：建立分装操作规范，确保过程透明、可追溯，并留存相关记录（如进货凭证、分装记录等）。
3. 风险隔离：若涉及复杂操作（如进口水果分装），可考虑通过合法主体（如具备资质的子公司）进行，以降低母公司风险。

如有进一步疑问或需具体操作指导，可直接向我咨询。