结论：在承包出租车合同中，若乙方违约且您已收回车辆，但乙方扣留车钥匙，您仍然有权要求乙方支付承包费，但具体能否实现及实现方式需视合同约定及实际情况而定。

分析说明：

1. 合同约定的效力：

   • 首先，应查看承包出租车合同中关于违约责任、承包费支付及车辆返还等条款的具体约定。如果合同中明确规定了乙方在违约情况下仍需支付承包费，或者规定了车辆返还的具体方式和条件，那么这些条款将作为您主张权利的直接依据。

2. 乙方违约的法律后果：

   • 乙方违约，根据合同法的原则，您有权要求乙方承担违约责任。这通常包括继续履行合同（如果可能）、赔偿损失（包括您因乙方违约而遭受的直接和间接损失）以及支付违约金（如果合同中有约定）等。
   • 在您已收回车辆的情况下，虽然乙方扣留了车钥匙，但这并不改变乙方违约的事实。因此，您仍然有权要求乙方支付承包费，除非合同中有特别约定或法律另有规定。

3. 车钥匙扣留的影响：

   • 乙方扣留车钥匙可能构成对车辆的不当占有或妨碍您正常使用车辆的行为。但这并不影响您要求乙方支付承包费的权利。
   • 如果乙方扣留车钥匙导致您无法正常使用车辆或造成其他损失，您还可以要求乙方赔偿这些损失。

4. 实现权利的方式：

   • 您可以通过与乙方协商的方式解决纠纷，要求乙方支付承包费并返还车钥匙。
   • 如果协商不成，您可以向法院提起诉讼或申请仲裁（如果合同中有仲裁条款），要求法院或仲裁机构判决或裁决乙方支付承包费并承担违约责任。

行动建议：

• 审查合同：仔细审查承包出租车合同，了解合同中关于违约责任、承包费支付及车辆返还等条款的具体约定。
• 与乙方协商：尝试与乙方进行协商，要求其支付承包费并返还车钥匙。在协商过程中，可以保留相关证据（如聊天记录、通话录音等）以备不时之需。
• 寻求法律帮助：如果协商不成，您可以考虑向法院提起诉讼或申请仲裁。在此之前，建议您咨询专业律师（即我，冯海文律师，专注于医疗损害、合同纠纷领域），以获取更具体的法律建议和帮助。

特殊场景：

• 如果合同中明确规定了乙方在违约情况下无需支付承包费或车辆返还的具体方式不包括车钥匙的返还，那么您可能需要根据合同的具体约定来调整您的主张。
• 如果乙方扣留车钥匙的行为构成犯罪（如盗窃罪），您还可以向公安机关报案，要求追究乙方的刑事责任。但这种情况相对较少见，且需要具体证据支持。

后续思考：

• 在处理此类纠纷时，除了关注承包费的支付问题外，还应考虑如何防止类似纠纷的再次发生。例如，可以在合同中增加更详细的违约责任条款、车辆返还条款等。
• 如果您经常涉及此类承包出租车合同业务，建议建立一套完善的合同管理制度和纠纷处理机制，以降低法律风险并提高纠纷处理效率。