若被审计单位在审计报告上不签字，审计机关可以采取以下措施来应对，以确保审计程序的合法性和审计报告的效力：
记录拒绝签字情况：
- 审计机关应当详细记录被审计单位拒绝签字的具体情况，包括拒绝签字的原因、时间、地点以及在场人员等信息。这是后续处理的重要依据，有助于审计机关在必要时向相关部门或机构说明情况。
要求被审计单位书面说明原因：
- 审计机关可以要求被审计单位就拒绝签字的原因提供书面说明。这有助于审计机关了解被审计单位的真实想法和顾虑，为后续沟通协商或采取其他措施提供参考。
沟通协商，寻求解决方案：
- 审计机关应积极与被审计单位进行沟通协商，尝试解决双方之间的分歧或误解。通过解释审计程序、审计目的和审计报告的重要性，争取被审计单位的理解和支持，促使其签字确认审计报告。
依法出具审计报告并注明情况：
- 若经过沟通协商仍无法促使被审计单位签字，审计机关可以依法出具审计报告，并在报告中注明被审计单位拒绝签字的情况。这样做可以确保审计报告的完整性和客观性，同时向相关部门或机构传递被审计单位对审计结果的态度。
考虑采取进一步法律措施：
- 在某些情况下，如果被审计单位的拒绝签字行为严重影响了审计程序的进行或审计报告的效力，审计机关可以考虑采取进一步的法律措施。例如，向相关部门报告被审计单位的违法行为，或者依法申请强制执行等。不过，这一步骤通常需要在法律框架内谨慎操作，并充分考虑各种因素和后果。
在处理此类情况时，审计机关还需注意以下几点：
- 保持客观公正：审计机关在处理被审计单位拒绝签字的情况时，应始终保持客观公正的态度，不偏袒任何一方，确保审计结果的公正性和可信度。
- 遵守法定程序：审计机关应严格遵守审计法等相关法律法规的规定，确保审计程序的合法性和合规性。在采取任何措施之前，都应仔细研究相关法律法规，确保自己的行为不违反法律规定。
- 保护被审计单位合法权益：在处理过程中，审计机关也应充分尊重和保护被审计单位的合法权益，避免对其造成不必要的损失或影响。
若您在实际操作中遇到具体问题或需要进一步的法律指导，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。