协议解除劳动合同的经济补偿金确实存在时效限制，劳动者应在知道或应当知道其权利被侵害之日起一年内申请劳动仲裁来主张权利。以下是对这一问题的详细分析：
一、时效限制的具体规定
劳动仲裁时效：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。例如，若用人单位在2024年1月1日与劳动者协议解除劳动合同，但未支付经济补偿金，劳动者在2024年2月1日知晓此事后，应在2025年2月1日前申请劳动仲裁。
- 时效中断：若在仲裁时效期间内，劳动者向用人单位主张权利（如发函催要经济补偿金）、向有关部门请求救济（如向劳动监察部门投诉）或用人单位同意履行义务（如承诺支付），仲裁时效将中断并重新计算一年。
- 时效中止：因不可抗力（如自然灾害）或其他正当理由导致劳动者无法在时效期内申请仲裁的，仲裁时效中止，待原因消除后继续计算剩余时效。
诉讼时效：
- 对劳动仲裁裁决不服的，劳动者可以在收到裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。这一期限并非诉讼时效，而是起诉的期间限制，需特别注意与仲裁时效的区别。
二、经济补偿金的计算标准与支付
计算标准：
- 经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。月工资指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
- 若劳动者月工资高于当地职工月平均工资三倍的，经济补偿按三倍数额支付，且年限最高不超过十二年。若劳动者平均工资低于当地最低工资标准的，按最低工资标准计算。
支付时间：
- 法律虽未明确规定支付经济补偿金的具体时间，但用人单位通常应在办结工作交接时支付。逾期不支付的，劳动者可向劳动行政部门投诉，并要求加付赔偿金。
三、特殊规定与建议
- 劳动关系存续期间拖欠劳动报酬的争议：不受一年仲裁时效限制，但劳动关系终止后，劳动者应自终止之日起一年内提出仲裁申请。不过，经济补偿金虽不属于劳动报酬，但在实践中需严格区分适用不同的时效规定。
- 证据收集：劳动者在遇到用人单位未支付经济补偿金时，应及时收集证据（如劳动合同、解除协议、工资记录等）以维护自身权益。
- 及时行动：鉴于时效限制的重要性，劳动者在知晓权利被侵害后应尽快采取行动，避免因超过时效而丧失法律保护。
总结与建议：协议解除劳动合同的经济补偿金存在明确的时效限制，劳动者应在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内申请劳动仲裁。同时，了解经济补偿金的计算标准和支付规定，以及及时收集证据和采取行动，对于维护自身权益至关重要。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。