核心结论：没有施工许可证的情况下，实际施工人施工，工程款的结算会面临法律风险和程序障碍，但并非完全无法主张，具体需分情况讨论。

1. 合同效力与工程款主张的基础

• 合同无效风险：根据《建筑法》及《民法典》相关规定，未取得施工许可证擅自施工的，属于违法建设行为，建设工程施工合同可能因违反法律强制性规定被认定为无效。合同无效后，实际施工人无法直接依据合同主张工程款，但可依据《民法典》第793条主张“折价补偿”。
• 折价补偿原则：即使合同无效，若工程经竣工验收合格，实际施工人仍有权要求发包人参照合同约定支付工程价款（即“折价补偿”）。若工程未竣工或验收不合格，需根据修复结果或实际投入成本主张补偿。

2. 实际施工人的权利救济路径

• 直接向发包人主张权利：根据《建设工程司法解释（一）》第43条，实际施工人可突破合同相对性，直接向发包人主张工程款，但需满足以下条件：
  • 发包人欠付转包人或违法分包人工程款；
  • 实际施工人已完成约定工程量且质量合格；
  • 需提供充分证据证明实际施工人身份（如施工合同、付款记录、现场签证等）。
• 行政处罚与工程款结算的关联性：未取得施工许可证可能面临行政处罚（如罚款、停工整改），但行政处罚本身不直接影响工程款结算，除非工程因违法被强制拆除或无法修复使用。

3. 风险防范与证据固定

• 证据收集：实际施工人应重点收集以下证据：
  • 实际施工的证明（如施工日志、材料采购单、工人工资表）；
  • 工程质量合格的证明（如监理签字、分部分项验收记录）；
  • 发包人知情或参与施工的证据（如会议纪要、付款指令）。
• 合法化补救措施：若工程已施工但未取得许可证，可尝试补办许可证或通过行政程序确认工程合法性，以降低法律风险。

4. 特殊情形处理

• 工程被认定为违法建筑：若工程因未取得许可证被认定为违法建筑且被拆除，实际施工人可能无法主张工程款，但可主张因拆除导致的实际损失（如材料费、人工费），需根据过错比例分担责任。
• 发包人恶意拖欠：若发包人以未取得许可证为由拒付工程款，但实际接受并使用工程，实际施工人可通过诉讼主张权利，法院可能根据公平原则判决发包人支付合理价款。

5. 实务建议

• 优先协商：在诉讼前尝试与发包人协商，明确工程款金额及支付方式，并签订书面协议。
• 及时起诉：若协商无果，应在工程竣工或合同终止后尽快起诉，避免超过诉讼时效（一般为3年）。
• 申请财产保全：为防止发包人转移财产，可在起诉时申请法院冻结其银行账户或查封等值财产。

总结：未取得施工许可证不影响实际施工人主张工程款的实体权利，但需通过合法途径证明施工事实及工程质量，并可能面临合同无效、行政处罚等风险。建议根据具体情况委托律师制定诉讼策略，最大限度维护权益。如有进一步问题，可直接向我咨询。