针对您提出的“没有施工许可证已施工的工程费用怎么结算”的问题，这是一个涉及建筑工程法律与实务的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、结算原则与前提
首先，需要明确的是，没有施工许可证进行工程施工，通常会导致合同无效。但根据相关法律法规及实务操作，如果建设工程经验收合格，那么结算方式可以参照合同约定进行折价补偿。这里的关键前提是“工程验收合格”。
二、具体结算方法
验收合格的情况：
- 如果工程已经验收合格，那么可以参照原合同约定的计价方式、单价、总价等条款进行折价补偿。这意味着，尽管合同因无施工许可证而无效，但双方仍可以按照合同约定的经济条款进行结算。
- 需要注意的是，这里的“折价补偿”并非完全按照合同原价执行，而是可能根据实际情况（如工程质量、材料价格变动等）进行适当调整。
验收不合格或违章建筑的情况：
- 如果工程属于违章建筑，无法通过验收，那么结算方式将更为复杂。此时，通常需要根据双方的过错程度来分担责任。
- 建设单位和施工单位都可能因未办理施工许可证而承担一定的法律责任和经济损失。具体分担比例可能需要根据实际情况（如双方过错大小、损失程度等）由法院或仲裁机构裁定。
三、责任归属与法律后果
责任归属：
- 根据相关法律法规，建设单位应配合施工单位在施工前办理施工许可证，并提供相应的材料。因此，如果施工许可证未办理，双方均应承担一定的责任。
- 建设单位作为项目的发起者和组织者，有责任确保施工许可证的办理。如果因建设单位原因导致施工许可证未办理，建设单位应承担主要责任。
- 施工单位作为施工行为的执行者，也有责任在施工过程中遵守相关法律法规。如果施工单位明知未办理施工许可证而擅自开工，同样应承担相应的法律责任。
法律后果：
- 未办理施工许可证擅自施工的，将面临行政处罚，如责令停止施工、限期改正、处以罚款等。
- 如果因未办理施工许可证导致工程质量问题或安全事故，建设单位和施工单位还将承担更为严重的法律责任，包括民事赔偿、刑事责任等。
四、建议与措施
及时办理施工许可证：
- 建设单位和施工单位应高度重视施工许可证的办理工作，确保在施工前取得合法有效的施工许可证。
- 如果因特殊原因无法及时办理施工许可证，应暂停施工并等待许可证办理完毕后再行开工。
完善合同条款：
- 在签订施工合同时，应明确约定无施工许可证情况下的结算方式、责任分担等条款，以减少后续纠纷。
- 合同条款应具体、明确，具有可操作性。
寻求专业法律帮助：
- 如果遇到无施工许可证已施工的情况，建议及时咨询专业律师或法律机构，以获取更具体的法律建议和解决方案。
综上所述，没有施工许可证已施工的工程费用结算问题需要根据工程验收情况、双方过错程度以及相关法律法规进行综合判断。建议您在处理此类问题时保持谨慎态度，并寻求专业法律帮助以确保自身权益。