农村自建房协议具有法律效果，其份数一般根据实际需要和双方约定来确定，但通常建议至少准备两份，双方各执一份。以下是对这一问题的详细分析：

法律效果

农村自建房协议，只要其内容合法、双方意思表示真实且不违反法律、行政法规的强制性规定，就具有法律效力。这类协议通常涉及房屋的建设、使用、管理、维护等方面的权利和义务，是双方当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议，受法律保护。

协议份数

关于农村自建房协议的份数，法律并没有明确的规定。协议的份数主要取决于双方当事人的需要和约定。然而，从实践和风险防范的角度来看，建议至少准备两份协议：

1. 双方各执一份：这是最基本的配置，确保双方都能持有协议的原件，以便在需要时查阅和证明自己的权利和义务。
2. 多份备份：如果涉及多方当事人（如多个继承人、共同出资人等），或者协议内容复杂、涉及金额较大，建议准备更多的备份，以便在需要时提供给相关机构或人员查阅。

注意事项

1. 协议内容合法：确保协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，否则协议可能被认定为无效。
2. 双方意思表示真实：协议必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。
3. 明确权利和义务：协议中应明确双方的权利和义务，包括房屋的建设标准、使用期限、维护责任等。
4. 签字盖章：协议应由双方签字或盖章确认，以确保协议的真实性和有效性。
5. 保存好协议：双方应妥善保存协议原件，以备不时之需。

法律后果

如果农村自建房协议存在违法内容或双方意思表示不真实，可能导致协议无效或被撤销。此外，如果协议内容不明确或存在争议，可能引发法律纠纷，给双方带来不必要的麻烦和损失。

建议：在签订农村自建房协议前，双方应充分了解相关法律法规和政策规定，确保协议内容合法、明确且符合双方利益。如有需要，可以咨询专业律师或相关机构以获取更详细的法律建议和指导。在签订协议后，双方应严格按照协议约定履行各自的权利和义务，以维护双方的合法权益。