农村自建房协议在符合一定条件下是具有法律效果的。以下从多个角度为您详细分析：

一、协议有效的一般条件

1. 行为人具有相应的民事行为能力

   • 参与农村自建房协议的各方，如建房人、承包人或施工队，必须是完全民事行为能力人（一般年满18周岁且精神正常），或依法成立并具有相应资质的法人或其他组织。这是协议有效的基本前提，确保各方能够理解并承担协议所带来的法律后果。

2. 意思表示真实

   • 协议内容应反映双方的真实意愿，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。若一方以不正当手段使对方违背真实意思签订协议，受损害方有权请求撤销或认定协议无效。

3. 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗

   • 协议内容必须合法合规，不得损害国家、集体和他人权益，不得违反社会公共秩序和善良风俗。例如，不得在禁止建房的耕地上建房，不得约定非法活动等。

4. 符合法定形式

   • 农村自建房协议最好以书面形式签订，明确工程内容、质量标准、工期、价款及支付方式等核心条款，并由双方签字盖章确认。书面形式有助于明确双方的权利和义务，减少纠纷的发生。

二、农村自建房协议特有的法律要求

1. 宅基地相关规定

   • 协议涉及宅基地使用时，必须符合“一户一宅”原则，面积不得超过规定标准，且需符合乡（镇）土地利用总体规划和村庄规划，不得占用永久基本农田。若违反这些规定，协议可能因违法而无效。

2. 建设规划许可

   • 自建房前需取得乡村建设规划许可证等相关许可。协议中可约定建房方有义务办理相关手续，未取得合法许可进行建设的，可能面临违建拆除等法律后果，同时协议也可能因此无效。

三、可能导致协议无效的具体情形

1. 购买人资格不符（若协议涉及房屋买卖）

   • 如果购买人不是同一集体经济组织成员，如城镇居民或外村村民，那么所签订的购买协议大概率会被认定无效。因为这种交易破坏了农村宅基地的分配制度，损害了农村集体的利益。

2. 产权问题

   • 若出卖人对房屋没有合法的产权证明，或者房屋产权存在其他瑕疵，如未取得相应的建房审批手续等，这种情况下签订的协议也可能无效。

3. 违反法律法规

   • 如果协议内容存在违反法律、行政法规的强制性规定的条款，如改变宅基地用途等，协议同样会被认定无效。

四、法律建议

1. 签订协议前

   • 确保各方具备相应的民事行为能力，了解并同意协议内容。
   • 核实宅基地的使用权和房屋的产权情况，确保无瑕疵。
   • 了解并遵守当地的建设规划许可要求，确保建房合法合规。

2. 签订协议时

   • 采用书面形式签订协议，明确双方的权利和义务。
   • 仔细阅读协议条款，确保无违法违规内容。
   • 必要时可咨询专业律师，确保协议的合法性和有效性。

3. 签订协议后

   • 按照协议约定履行义务，确保建房顺利进行。
   • 如遇纠纷或问题，及时寻求法律帮助，维护自身合法权益。

总结来说，农村自建房协议在符合一般合同有效条件以及农村自建房特有法律要求的情况下是具有法律效果的。但为了避免纠纷和损失，建议在签订协议前充分了解相关法律法规和政策要求，并在必要时咨询专业律师的意见。如果您在农村自建房协议方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。