员工档案丢失，责任最后由员工承担是不合理的。这一结论主要基于以下几点法律分析和实际情况考虑：

1. 用人单位的法定责任

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条，用人单位在解除或终止劳动合同时，有义务为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。这明确表明了用人单位对职工档案负有管理和妥善保管的义务。
   • 《中华人民共和国档案法》第七条也规定，机关、团体、企业事业单位和其他组织有妥善保管本单位档案的法定义务。职工档案作为单位管理的一部分，单位同样负有保管责任。

2. 档案丢失的法律后果

   • 如果因用人单位自身管理不善、疏忽大意等原因导致职工档案丢失，用人单位应当承担相应的法律责任。这包括协助职工补办相关档案资料，如工作履历证明、工资发放记录等。
   • 若档案丢失给职工造成经济损失，如无法享受应有的退休待遇、失业保险金等，用人单位还需赔偿职工因此遭受的损失。

3. 特殊情况下的责任分担

   • 在企业改制、破产等特殊情况下，如果原用人单位未按照规定将职工档案移交给接收单位或相关部门，导致档案丢失，原用人单位仍需承担责任。接收单位如果存在过错，如未妥善保管接收到的档案，也应承担相应的责任，双方可根据各自的过错程度分担责任。
   • 如果职工档案是委托给专门的档案管理机构进行管理，因档案管理机构的故意或重大过失导致档案丢失，档案管理机构应承担主要责任。用人单位在选任档案管理机构时存在过错，如未对其资质进行严格审查，也可能需要承担一定的补充责任。

4. 员工无过错原则

   • 员工档案是记录员工个人信息、工作经历等的重要文件，对于员工享受相关权益具有重要意义。员工本身对档案的保管没有直接责任，除非员工存在故意或重大过失导致档案丢失，否则不应承担档案丢失的责任。

实际建议：

• 如果员工发现自己的档案丢失，首先应与用人单位沟通，要求用人单位协助补办档案并赔偿因此造成的损失。
• 如果用人单位拒绝承担责任或无法联系到用人单位，员工可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

可能遇到的法律后果：

• 如果用人单位拒绝补办档案或赔偿损失，员工有权向法院提起诉讼，要求用人单位承担相应的法律责任。
• 法院在审理此类案件时，通常会根据具体情况判决用人单位承担补办档案、赔偿经济损失等责任。

综上所述，员工档案丢失的责任不应由员工承担，而应由用人单位或相关档案管理机构根据各自的过错程度承担相应的责任。员工在遇到此类问题时，应积极维护自己的合法权益，寻求法律帮助。