经济补偿金的计算基数是应发工资，而非实发工资。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条的明确规定：“劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。” 这一规定确保了经济补偿金能够全面、真实地反映劳动者的劳动报酬水平以及用人单位的实际劳动力成本。

二、应发工资与实发工资的区别

1. 应发工资：指劳动者在提供了正常劳动的情况下，用人单位按照约定应当支付给劳动者的工资报酬总额。这个总额中包含了计时工资或计件工资，以及奖金、津贴、补贴等所有货币性收入。应发工资是劳动者理论上应该获得的全部收入，它还没有扣除如个人所得税、社会保险费个人缴纳部分等各类应由个人承担的费用。

2. 实发工资：是劳动者实际拿到手的工资数额，它是在应发工资的基础上扣除了相关费用后的金额。因此，实发工资并不能真实反映劳动者的全部劳动报酬。

三、为何选择应发工资作为计算基数

1. 体现劳动者真实收入：应发工资更能反映劳动者的真实收入水平，因为它包括了所有应得的货币性收入，是劳动者劳动所得的完整报酬。

2. 保障劳动者权益：使用应发工资作为计算基数，可以确保劳动者在经济补偿时获得更全面的保障，避免因扣除项过多而导致经济补偿金减少，从而有效维护劳动者的合法权益。

3. 法律规定：如前所述，《中华人民共和国劳动合同法实施条例》明确规定了经济补偿金的计算应按照劳动者应得工资进行，这是具有法律效力的规定，必须严格遵守。

四、特殊情况处理

• 如果劳动者在劳动合同解除或终止前12个月的平均工资低于当地最低工资标准，那么经济补偿金的计算将按照当地最低工资标准进行。
• 如果劳动者工作不满12个月，则按照实际工作的月数来计算平均工资。
• 对于月工资高于所在地区上年度职工月平均工资三倍的劳动者，经济补偿金按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。

五、实际案例说明

假设某劳动者在劳动合同解除前12个月的应发工资总额为120,000元（即每月平均10,000元），其中包含了奖金、津贴等货币性收入。在计算经济补偿金时，应以这120,000元为基数，而不是扣除个人所得税、社会保险费等费用后的实发工资。如果该劳动者在本单位工作了5年，那么他应获得的经济补偿金就是5个月的工资，即50,000元。

综上所述，经济补偿金的计算应以劳动者的应发工资为基数。在实际操作中，用人单位和劳动者都应明确这一点，以确保经济补偿金的正确计算和支付。如果您在劳动纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。