针对您提出的“员工在申请工伤认定期间上班旷工半天怎么处理”的问题，这主要涉及到两个方面的内容：一是工伤认定的流程与规定，二是员工旷工的处理方式。以下我将结合这两方面进行详细解答。

一、工伤认定流程与规定

1. 工伤认定申请时限：

   • 根据《工伤保险条例》及相关规定，职工发生事故伤害或被诊断、鉴定为职业病后，所在单位应在30日内向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
   • 若用人单位未在规定时限内提出申请，工伤职工或其近亲属、工会组织可在1年内直接提出申请。

2. 工伤认定所需材料：

   • 工伤认定申请表
   • 与用人单位存在劳动关系的证明材料
   • 医疗诊断证明或职业病诊断证明书
   • 根据具体情况，可能还需提交事故发生当月的考勤记录、现场证人证明等其他材料

3. 工伤认定期间员工权益：

   • 在工伤认定期间，员工仍享有基本的劳动权益，包括但不限于工资支付、医疗救治等。
   • 工伤认定结果未出前，员工应继续履行其工作职责，除非因伤势严重无法工作。

二、员工旷工的处理方式

1. 旷工定义与后果：

   • 旷工是指员工未经批准，擅自缺勤的行为。
   • 旷工可能违反公司的规章制度，根据情节轻重，公司有权采取相应的纪律处分措施，如警告、罚款、解除劳动合同等。

2. 针对本案例的处理建议：

   • 核实旷工事实：首先，公司应核实员工旷工的具体情况，包括旷工时间、原因等，确保处理决定的公正性和准确性。
   • 依据规章制度处理：根据公司制定的规章制度，对旷工行为进行相应处理。若规章制度中明确规定了旷工的处理方式，如扣除工资、给予警告等，则应按照规定执行。
   • 考虑工伤认定因素：在处理旷工行为时，公司也应考虑员工是否正在申请工伤认定。若员工因工伤导致无法正常工作，且已及时向公司报告并申请工伤认定，则公司应给予一定的理解和支持，避免过度处罚。
   • 沟通与教育：在处理旷工行为的同时，公司也应与员工进行沟通，了解其旷工的具体原因，并对其进行教育，引导其树立正确的劳动观念，遵守公司规章制度。

综合建议：

• 在处理员工旷工行为时，公司应综合考虑工伤认定的情况、员工的实际伤势以及公司的规章制度等因素。
• 若员工旷工行为轻微且确因工伤导致，公司可给予一定的宽容和理解，通过沟通与教育的方式引导员工改正。
• 若员工旷工行为严重或违反公司规章制度，公司则应按照规章制度进行相应处理，以维护公司的正常运营秩序和劳动纪律。

希望以上解答能对您有所帮助。如有其他疑问或需要进一步的法律咨询，请随时告知。