员工因违章操作被公司开除，是否合法以及员工应如何应对，需分情况讨论：
一、公司开除是否合法
若公司规章制度明确规定违章操作属于严重违反规章制度的行为，且该规章制度已依法告知员工：
- 根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。在此情况下，公司开除员工是合法的，员工可能无法获得经济补偿或赔偿金。
- 关键点：规章制度需合法制定（如经过民主程序、内容合法、已公示或告知员工），且违章操作需明确被列为严重违反规章制度的行为。
若公司规章制度未明确规定违章操作属于严重违反规章制度的行为，或规章制度未依法告知员工：
- 公司开除员工可能构成违法解除劳动合同。根据《劳动合同法》第四十八条，用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，劳动者有权要求继续履行劳动合同或要求用人单位支付赔偿金。
- 赔偿金计算：根据《劳动合同法》第八十七条，赔偿金为经济补偿标准的二倍。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
二、员工应如何应对
核实公司规章制度：
- 员工应首先核实公司是否有关于违章操作的规章制度，以及该规章制度是否已依法告知自己。若规章制度未明确规定或未告知，员工有权对公司开除行为提出异议。
收集证据：
- 员工应收集与违章操作、公司规章制度、开除通知等相关的证据，如工作记录、规章制度文本、开除通知等，以备后续维权使用。
与公司协商：
- 在收集到足够证据后，员工可以尝试与公司进行协商，要求公司撤销开除决定或给予合理的经济补偿。
申请劳动仲裁：
- 若协商无果，员工可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求确认公司开除行为违法并支付赔偿金。在申请劳动仲裁时，员工需提交相关证据和仲裁申请书。
提起诉讼：
- 若对劳动仲裁结果不满，员工还可以向法院提起诉讼，要求法院判决公司支付赔偿金等。
三、特殊情况考虑
- 若违章操作导致严重后果：如造成重大安全事故、人员伤亡等，即使公司规章制度未明确规定，公司也可能以员工严重失职、营私舞弊给用人单位造成重大损害为由解除劳动合同。但在此情况下，公司仍需承担举证责任，证明员工的行为确实构成了严重失职或营私舞弊，并给公司造成了重大损害。
建议：员工在面对公司开除决定时，应保持冷静，核实公司规章制度和收集证据，并尝试与公司协商解决。若协商无果，可及时寻求法律援助或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。