核心结论：员工离职不配合时，工资仍需依法支付，但支付方式与时间节点需结合具体情况处理。以下是具体分析：

1. 工资支付义务不因员工不配合而免除
   根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次性付清劳动者工资。即使员工拒绝签署离职文件、不交接工作或存在其他不配合行为，用人单位仍需在离职当日结清工资，不得以“未交接工作”“未签署文件”等理由克扣或拖延。

2. 员工不配合的合法应对方式
   若员工拒绝配合离职手续（如不归还公司财物、不交接工作），用人单位可通过以下方式处理：

   • 保留证据：通过邮件、短信、书面通知等方式要求员工限期交接，并留存沟通记录；
     
   • 暂扣非工资款项：若员工造成公司损失（如丢失财物、未完成工作交接导致直接经济损失），用人单位可依据《工资支付暂行规定》第十六条，在提供书面说明后，从员工工资中扣除赔偿费用，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准；
     
   • 法律追责：若员工行为涉嫌违法（如侵占公司财产），用人单位可报警或通过民事诉讼主张权利，但不得以此为由拒付工资。

3. 特殊情形处理

   • 员工主动离职但未提前30日通知：根据《劳动合同法》第三十七条，员工未提前通知的，用人单位可要求其赔偿因未提前通知导致的直接经济损失（如临时招聘成本、项目延误损失等），但仍需在离职时结清工资；
     
   • 员工被辞退但拒绝办理离职手续：若用人单位合法解除劳动合同（如员工严重违纪），工资仍需在离职时结清；若解除违法，员工可主张赔偿金及工资，用人单位需承担违法解除的法律后果。

建议：用人单位应优先通过沟通协商解决，若员工坚持不配合，可依法暂扣合理赔偿费用（需留存损失证据），但务必避免直接拒付工资。若争议无法解决，可向我进一步咨询具体操作流程或证据固定方法。