结论：农业用地原有厂房是否可以出租给制造业使用，其合法性取决于多个因素，包括土地性质、是否经过合法的用途转换审批、是否符合土地利用总体规划以及是否办理了相关建设手续等。一般情况下，若未经合法审批擅自改变农业用地用途进行出租，是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、土地性质与用途
农业用地：农业用地是专门用于农业生产的土地，如耕地、林地等。根据我国土地管理法的规定，农业用地原则上不允许擅自改变用途来建设非农业设施，包括出租给制造业使用。
用途转换审批：若确实需要将农业用地转换为建设用地以出租给制造业，必须依法申请农用地转用审批。这一审批过程通常涉及多个政府部门，包括自然资源、农业、环保等，且需符合土地利用总体规划和相关法律法规的要求。
二、合法性分析
未经审批擅自改变用途：若未经过合法的农用地转用审批，擅自将农业用地上的厂房出租给制造业使用，是违法的。这种行为可能面临责令停止、限期改正、罚款甚至拆除违法建筑等法律后果。
经过审批且符合规划：若已经依法获得了农用地转用审批，且该转换符合土地利用总体规划和相关法律法规的要求，同时办理了必要的建设手续（如建设工程规划许可证、施工许可证等），那么在这种情况下，将农业用地上的厂房出租给制造业使用可能是合法的。但需注意，即使获得了审批，也需严格遵守租赁合同中的条款和法律法规的规定。
三、实际操作建议
了解土地性质：在考虑将农业用地上的厂房出租给制造业之前，务必了解该土地的性质和用途，以及是否已经过合法的用途转换审批。
咨询政府部门：由于土地用途转换涉及多个政府部门和复杂的审批程序，建议在实际操作前咨询当地自然资源、农业等政府部门的意见，以确保所有手续合法合规。
签订合法租赁合同：若决定出租，应签订合法有效的租赁合同，明确双方的权利义务、租赁期限、租金支付方式等条款，并确保合同内容不违反法律法规的强制性规定。
遵守相关法律法规：在整个出租和使用过程中，必须严格遵守土地管理法、城乡规划法、建筑法等相关法律法规和规章制度，确保出租行为的合法性。
总结与提醒：农业用地原有厂房是否可以出租给制造业使用，并非一个简单的“是”或“否”的问题，而是需要综合考虑多个因素。在实际操作中，务必确保所有手续合法合规，避免因违法违规而导致的法律风险和经济损失。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。