在电三轮（电动三轮车）与汽车发生碰撞，且责任被认定为五五责（即双方同等责任），同时责任认定书中明确三轮车为非机动车的情况下，赔偿问题可以依据以下步骤和原则来处理：
一、理解责任认定
首先，要明确“五五责”意味着双方在事故中负有同等的责任。这通常是根据事故现场的具体情况、双方的行为以及交通法规综合判断得出的。既然责任认定书中已经明确三轮车为非机动车，那么这将影响后续的赔偿比例和方式。
二、赔偿原则
过错责任原则：根据《道路交通安全法》的相关规定，交通事故责任以“过错程度”为核心。在五五责的情况下，双方应各自承担50%的赔偿责任。
机动车与非机动车的特殊规则：虽然电三轮被认定为非机动车，但根据交通法规，机动车与非机动车发生事故时，机动车通常需要承担更多的社会责任（如无过错赔偿，但在此五五责情况下，这一原则不直接改变赔偿比例，但可能影响具体赔偿金额的协商或法院判决时的考量）。不过，在五五责的明确划分下，双方主要按责任比例分担损失。
三、赔偿流程
保险理赔：
- 汽车方：应首先通过其交强险进行赔偿。交强险是机动车必须购买的保险，用于赔偿因交通事故造成第三方的人身伤亡和财产损失。在五五责的情况下，交强险将在其赔偿限额内对电三轮方的损失进行赔偿。
- 电三轮方：由于电三轮被认定为非机动车，通常没有交强险。但如果电三轮方购买了其他类型的保险（如商业第三者责任险，尽管这种情况较为少见），也可以按照保险合同进行理赔。
超出保险限额的赔偿：
- 如果交强险的赔偿限额不足以覆盖电三轮方的损失，或者电三轮方没有保险，那么超出部分将由双方按照五五责的比例分担。即汽车方承担50%，电三轮方也承担50%（但电三轮方作为非机动车方，在实际操作中可能因经济能力有限而难以承担，这可能需要通过协商或法律途径解决）。
协商与诉讼：
- 双方可以尝试通过协商来解决赔偿问题，达成一致后签订赔偿协议。
- 如果协商不成，任何一方都可以向法院提起诉讼，由法院根据事故情况、双方责任以及相关法律法规作出判决。
四、注意事项
- 电三轮属性争议：虽然责任认定书中已经明确三轮车为非机动车，但如果电三轮存在超标、改装等情况，可能在实际操作中引发争议。因此，在处理赔偿问题时，应确保电三轮的属性符合非机动车的标准。
- 证据留存：双方应妥善保管与事故相关的所有证据，包括现场照片、医疗记录、交警的责任认定书等，以便在协商或诉讼过程中使用。
- 及时理赔：双方应尽快与保险公司联系，启动理赔程序，避免因拖延而影响赔偿的及时性。
综上所述，在电三轮与汽车五五责且三轮车被认定为非机动车的情况下，赔偿问题应主要依据过错责任原则和保险理赔流程来处理。双方应积极协商，必要时通过法律途径解决争议。