在民事案件中，若被告主体不符，一般情况下应当裁定驳回起诉，但若案件已进入实体审理阶段，或被告的不适格性是在审理过程中逐渐显现的，则法院应判决驳回原告的诉讼请求。以下是对这一问题的详细分析：
一、裁定驳回起诉的情形与依据
情形：
- 当被告与案件无直接关联，且此不适格性在立案阶段即可明确判断时，法院应以裁定形式驳回起诉。例如，原告起诉的被告并非实际应承担法律责任的主体，且无法通过补正或变更来纠正这一错误。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十二条的规定，起诉必须符合一定条件，其中包括“有明确的被告”。这里的“明确”不仅指被告身份信息明确，还要求其与案件存在法律上的关联性。若被告不适格，即不符合该条件。
- 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二百零八条第三款规定：“立案后发现不符合起诉条件或者属于民事诉讼法第一百二十七条规定情形的，裁定驳回起诉。”
二、判决驳回诉讼请求的情形与依据
情形：
- 在实体审理阶段，如果法院发现被告并非实体法律关系中的义务承担者，即被告不适格，且此时已无法或不宜通过变更被告来纠正，则应判决驳回原告的诉讼请求。例如，原告误将与案件无关的第三方作为被告起诉，且在审理过程中这一错误无法被纠正。
法律依据：
- 判决驳回诉讼请求是基于对案件实体问题的审理结果。当被告不适格时，原告的诉讼请求无法得到支持，因此法院会作出这样的判决。
三、裁定驳回起诉与判决驳回诉讼请求的区别
性质不同：
- 裁定驳回起诉是对程序问题的处理，它发生在诉讼程序开始阶段，是对原告起诉资格的审查。
- 判决驳回诉讼请求是对实体问题的处理，它发生在诉讼程序的后期，是基于案件事实和法律的判断。
解决的问题不同：
- 裁定驳回起诉解决的是案件是否符合受理条件的问题。
- 判决驳回诉讼请求解决的是当事人主张的实体权利能否得到支持的问题。
法律后果不同：
- 裁定驳回起诉的案件，原告再次起诉符合条件的，法院应予受理。
- 判决驳回诉讼请求的案件，原告在判决书生效后再次起诉的，法院一般不予受理（除非有新的事实或证据）。
四、实践中的建议与措施
- 审查被告身份：在立案阶段，法院应对被告的身份进行认真审查，确保被告明确且适格。若发现被告不适格，应及时告知原告并作出相应处理。
- 释明与指导：对于因误解或疏忽导致被告不适格的情况，法院可以向原告进行释明和指导，帮助其纠正错误并重新提起诉讼。
- 防止滥用诉权：在处理被告不适格的案件时，法院应注意防止原告滥用诉权、恶意诉讼等行为的发生。对于故意制造虚假诉讼或滥用诉权的当事人，应依法予以制裁。
综上所述，当遇到被告主体不符的情况时，法院应根据案件的具体情况和法律规定，灵活选择适当的处理方式。如果您在民事诉讼中遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。