在民事诉讼中，当被告主体不适格时，法院的处理方式取决于案件所处的阶段和具体情况，一般分为裁定驳回起诉和判决驳回诉讼请求两种情况。以下是对这两种处理方式的详细解释：
一、裁定驳回起诉
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十二条的规定，起诉必须符合一定条件，其中包括“有明确的被告”。这里的“明确”不仅指被告身份信息明确，还要求其与案件存在法律上的关联性。若被告不适格，即不符合该条件。
- 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二百零八条第三款规定：“立案后发现不符合起诉条件或者属于民事诉讼法第一百二十七条规定情形的，裁定驳回起诉。”
适用情形：
- 当被告与案件无直接关联，且此不适格性在立案阶段即可明确判断时，法院应以裁定形式驳回起诉。这是因为案件在程序上就不具备继续审理的条件。例如，甲与乙签订了买卖合同，乙未按合同约定支付货款，甲却起诉了与该合同无关的丙要求支付货款。在立案阶段，法院若发现丙与该买卖合同没有关系，被告主体不适格，且无法通过补正或变更来纠正，此时法院应裁定驳回甲的起诉。
法律后果：
- 裁定驳回起诉是对原告起诉权的否定，发生在诉讼程序开始阶段，是对案件程序性问题的处理。原告若符合起诉条件，可重新起诉。
二、判决驳回诉讼请求
法律依据：
- 同样基于《中华人民共和国民事诉讼法》，但侧重于实体审理的结果。当被告主体不适格时，意味着原告告错了对象，但这并不影响原告提起诉讼的程序权利。在实体审理中，由于被告并非真正应当承担责任的主体，原告的诉讼请求无法得到支持，因此法院会判决驳回原告的诉讼请求。
适用情形：
- 若案件已进入实体审理阶段，或被告的不适格性是在审理过程中逐渐显现的，法院应判决驳回原告的诉讼请求。例如，在上述甲起诉丙的案例中，如果案件已进入实体审理阶段，法院经过审理查明丙与该买卖合同没有关系，被告主体不适格，且此时已无法或不宜通过变更被告来纠正，则法院应判决驳回甲的诉讼请求。
法律后果：
- 判决驳回诉讼请求是对原告实体权利的否定，发生在诉讼程序的后期，是基于案件事实和法律的判断。原告若无新的事实或证据，一般不得再次就同一事实提起诉讼。
三、建议与措施
- 为减轻当事人诉累，保护当事人的诉讼权利，同时避免法院诉讼资源不必要的浪费，法官在发现被告可能不适格时，应及时向原告释明，并建议其考虑变更适格被告。
- 如果原告拒绝变更被告，或者经过审理确认被告确实不适格，法院应根据案件所处的阶段和具体情况，依法作出驳回起诉或驳回诉讼请求的裁判。
总结来说，被告主体不适格时，法院的处理方式取决于案件所处的阶段和具体情况。在立案阶段若发现被告明显不适格，且无法通过补正或变更来纠正，应裁定驳回起诉；若案件已进入实体审理阶段，或被告的不适格性是在审理过程中逐渐显现的，则应判决驳回原告的诉讼请求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。