起诉主体不适格时，判决驳回起诉是合法的，但具体处理方式需根据诉讼类型及案件实际情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与规定
行政诉讼：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释，行政诉讼的原告必须是行政行为的相对人或其他与行政行为有利害关系的公民、法人或其他组织。若原告主体不适格，法院将裁定驳回起诉。例如，若原告与行政行为无直接利害关系，或错列了被告且拒绝变更，法院将依法驳回起诉。
民事诉讼：
- 在民事诉讼中，虽然《中华人民共和国民事诉讼法》要求起诉必须有明确的被告，但并未要求被告必须适格或正确。被告的适格性通常是在审理过程中通过实体审理来判断的。若被告主体不适格，法院应判决驳回原告的诉讼请求，而非直接驳回起诉。不过，在极端情况下，如被告身份完全无法确定或根本无法送达诉讼文书等，法院可能会裁定驳回起诉。
二、主体适格的判断标准
- 当事人适格：也称为正当当事人，是指对于特定的诉讼具有以自己的名义成为当事人的资格，并享有诉讼实施权。适格当事人是法院作出有效判决的前提。
- 判断方法：在行政诉讼中，主要依据原告是否与行政行为有利害关系来判断；在民事诉讼中，则主要依据原告是否与案件有直接利害关系，以及被告是否明确、具体来判断。
三、具体处理方式及实践操作
行政诉讼：
- 立案阶段：若发现原告主体不适格，法院将不予受理。
- 审理阶段：若立案后发现原告主体不适格，法院会告知原告并建议其撤回起诉。若原告拒不撤回，法院将依法裁定驳回起诉。对于被告主体不适格的情况，法院应告知原告变更被告；若原告拒绝变更，法院将裁定驳回起诉。
民事诉讼：
- 立案阶段：只要原告能提供被告明确的身份信息，符合形式上的“有明确的被告”，法院即应受理案件，不对被告的适格性进行实质审查。
- 审理阶段：若发现被告主体不适格，法院应通过实体审理来判断。若经过审理确定被告不是实体法律关系中的义务承担者，法院应判决驳回原告的诉讼请求。
四、法律意义与实践指导
- 确保诉讼合法性和有效性：起诉主体适格是确保诉讼合法性和有效性的前提。若主体不适格，法院将依法驳回起诉或诉讼请求，从而维护诉讼秩序和司法权威。
- 防止滥用诉讼权利：驳回不适格主体的起诉或诉讼请求，能够防止无关人员滥用诉讼权利，浪费司法资源。
- 保障当事人合法权益：通过严格审查诉讼主体资格，法院能够确保真正有权提起诉讼的当事人的合法权益得到保障。
五、建议
- 提起诉讼前确认主体资格：当事人在提起诉讼前，应尽可能确认自己及对方的主体资格是否适格，以避免不必要的诉讼风险和成本。
- 咨询专业律师：若对诉讼主体资格有疑问或不确定，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见和指导。不过，作为李泽宇律师，我随时准备为你提供专业的法律咨询，你可以直接向我提问。
综上所述，起诉主体不适格时，判决驳回起诉的合法性取决于诉讼类型及案件实际情况。在行政诉讼中，若原告主体不适格，法院将裁定驳回起诉；在民事诉讼中，若被告主体不适格，法院通常应判决驳回原告的诉讼请求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。