针对您提出的“在什么部门告非法占地的案件”这一问题，我可以从以下几个角度为您详细解答：
一、向相关行政部门举报投诉
自然资源主管部门（原国土资源局）
- 主要职责：这是处理非法占地行为的主要部门，负责土地的管理和监督工作，包括土地权属的确认、土地违法行为的查处等。
- 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，并可能面临罚款、限期拆除建筑物等处罚。
- 处理措施：您可以直接向当地的自然资源主管部门举报非法占地行为，该部门将依法进行调查核实，并根据调查结果采取相应的法律措施。
农业农村主管部门
- 主要职责：若非法占地涉及破坏耕地等侵害耕地保护的情况，农业农村主管部门会参与监督管理和执法工作。
- 法律依据：相关法律依据包括《中华人民共和国土地管理法》第三十七条及《基本农田保护条例》等。
综合执法部门（如城市管理综合执法部门）
- 主要职责：在特定区域或针对特定类型的非法占地行为，根据地方规定和改革举措进行查处，集中行使相关行政处罚权。
- 法律依据：地方性《城市管理综合执法条例》等。
二、提起法律诉讼
如果通过行政途径无法解决问题，您还可以选择向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
民事诉讼
- 确定被告：明确非法占用土地的侵权人。
- 撰写起诉状：包含原告和被告的基本信息、诉讼请求（如停止侵权行为、恢复土地原状、赔偿损失等）、事实与理由。
- 准备证据：按照民事诉讼的证据规则整理并提交证据，如土地权属证明、现场照片、能证明经济损失的相关票据等。
- 向法院起诉：向土地所在地的基层人民法院提起诉讼，法院将依法审理。
刑事诉讼（附带民事诉讼）
- 如果非法占用土地行为构成犯罪，如非法占用农用地罪，责任人将面临刑事责任。此时，人民检察院可提起公诉，并附带民事诉讼要求赔偿损失。
行政诉讼
- 若向行政部门举报后，其未依法履行职责，您可针对行政部门的不作为提起行政诉讼。
- 撰写行政起诉状，明确原告、被告信息，诉讼请求（如要求法院判令行政部门处理非法占用土地行为），并阐述事实与理由。
- 向有管辖权的法院提起诉讼，法院将依法审理并作出判决。
三、其他注意事项
- 提供详细信息：在举报或提起诉讼时，务必提供详尽的信息以便调查处理，包括土地的具体位置、面积、占用主体、占用时间及用途等。
- 保护自身权益：维权过程中要注意保护自身安全，避免受到骚扰或打击报复。
- 保留证据：妥善保管所有相关证据材料，以备后续使用，如土地权属证明、现场照片、视频等。
总结来说，面对非法占地行为，您可以通过向自然资源主管部门、农业农村主管部门或综合执法部门举报投诉，或者通过提起民事诉讼、刑事诉讼（附带民事诉讼）以及行政诉讼等方式来维护自己的合法权益。在维权过程中，请务必注意提供详细信息、保护自身权益，并妥善保留相关证据。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。