结论：拆迁补偿款被扣作置换房屋预收款是否合法，需根据具体情况判断，主要看拆迁协议中的约定以及相关法律法规的遵循情况。以下从不同角度进行分析：

一、拆迁协议中的约定

1. 若拆迁协议中有明确约定：

   • 如果拆迁协议中明确规定了拆迁补偿款可以部分或全部用于抵扣置换房屋的预收款，并且这一约定是双方自愿、平等、协商一致的结果，那么这种做法通常是合法的。因为拆迁协议是拆迁双方就拆迁补偿事宜达成的合意，具有法律约束力。

2. 若拆迁协议中无明确约定：

   • 如果拆迁协议中没有明确约定拆迁补偿款可以抵扣置换房屋的预收款，那么拆迁方单方面将拆迁补偿款扣作置换房屋预收款的行为可能构成违约或侵权。在这种情况下，被拆迁方有权要求拆迁方按照协议约定支付全额拆迁补偿款，并可以就拆迁方的违约或侵权行为寻求法律救济。

二、相关法律法规的遵循

1. 遵循法定程序：

   • 拆迁行为必须遵循法定的程序，包括拆迁许可的取得、拆迁公告的发布、拆迁补偿方案的制定和公示等。如果拆迁方在拆迁过程中未遵循法定程序，那么其将拆迁补偿款扣作置换房屋预收款的行为可能因程序违法而无效。

2. 保障被拆迁方权益：

   • 根据相关法律法规，拆迁方在拆迁过程中必须保障被拆迁方的合法权益，包括获得合理补偿的权利。如果拆迁方将拆迁补偿款扣作置换房屋预收款，导致被拆迁方无法获得合理补偿，那么这种行为可能违反法律法规的规定，被拆迁方有权要求拆迁方予以纠正。

三、实际操作中的注意事项

1. 仔细审查拆迁协议：

   • 被拆迁方在签订拆迁协议时，应仔细审查协议内容，特别是关于拆迁补偿款支付方式和置换房屋预收款抵扣的条款。如果协议中有不明确或存在歧义的地方，应及时与拆迁方沟通并明确约定。

2. 保留相关证据：

   • 被拆迁方在拆迁过程中应保留好相关证据，如拆迁协议、补偿款支付凭证、置换房屋的相关资料等。这些证据在后续可能发生的纠纷中将成为维护自己权益的重要依据。

3. 及时寻求法律帮助：

   • 如果被拆迁方对拆迁方的行为存在疑问或不满，应及时寻求法律帮助。作为专业律师，我可以根据具体情况为被拆迁方提供法律咨询和法律援助，帮助其维护自己的合法权益。

建议：在面对拆迁补偿款被扣作置换房屋预收款的情况时，被拆迁方应首先审查拆迁协议中的相关约定，并了解相关法律法规的规定。如果认为拆迁方的行为存在违法或不当之处，应及时与拆迁方沟通并寻求法律帮助。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。