在非法营运的情况下，既可能处罚公司（法人），也可能处罚个人（实际经营人或直接责任人），具体取决于案件事实、各行为人的作用、参与程度及主观故意等因素。以下是对这一问题的详细分析：
一、公司（法人）的责任
行政责任：
- 如果非法营运行为是由公司决策机构决定，或者公司法人明知而未制止，公司作为经营主体将承担行政处罚责任，如罚款、没收违法所得、吊销营业执照等。
刑事责任：
- 若非法营运行为构成犯罪，如非法经营罪，公司法人单位需承担刑事责任，包括判处罚金等。
- 同时，对单位犯罪中直接负责的主管人员和其他直接责任人员也将依法判处刑罚。
责任判定：
- 公司法人若对非法营运行为起到决策、组织、指挥等作用，或明知而未制止，将承担相应责任。
二、个人（实际经营人或直接责任人）的责任
行政责任：
- 实际经营人或直接责任人若直接参与非法营运或对此负有直接责任，将承担个人行政责任，如罚款、没收违法所得等。
刑事责任：
- 若非法营运行为构成犯罪，实际经营人或直接责任人将面临刑事制裁，如有期徒刑、罚金等。
责任判定：
- 实际经营人或直接责任人直接负责公司运营和业务开展，若实施非法营运行为，如超范围经营、未经许可从事禁止业务等，将被追究法律责任。
- 若非法营运由个人决定并实施，且未经过公司决策机构同意，该个人将承担主要责任。
三、具体责任划分
- 在司法实践中，责任认定需综合考虑案件具体情况，包括各行为人在非法营运活动中的作用、参与程度、主观故意等因素。
- 既可能只追究实际经营人或直接责任人的责任（若公司确实不知情且无过错），也可能公司和实际经营人或直接责任人共同承担责任。
- 在某些情况下，若实际经营人或直接责任人受公司指使实施非法营运，公司可能承担更重责任。
四、法律建议
增强法律意识：
- 公司和实际经营人都应增强法律意识，确保合法经营，避免触碰法律红线。
完善内部管理：
- 公司应建立健全内部管理制度，明确各部门职责和权限，防止非法营运行为的发生。
及时咨询法律专业人士：
- 若面临非法营运的指控或调查，应及时咨询法律专业人士，了解自身权利和义务，制定合适的应对策略。
举例说明：假设某公司未经许可从事客运业务，被交通管理部门查处。在此情况下，如果公司决策机构决定从事非法营运，且公司法人明知而未制止，那么公司和公司法人都将承担行政责任，甚至可能面临刑事责任。同时，如果实际经营人或直接责任人直接参与了非法营运行为，他们也将承担相应的行政和刑事责任。
总之，非法营运的处罚对象取决于案件的具体情况和各行为人的作用。如果你或你的公司面临类似问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。