针对您提出的“公司车非法营运怎么处罚”的问题，以下是根据相关规定和案例整理出的详细解答：

一、非法营运的处罚规定

当车辆进行非法营运时，县级以上道路运输管理机构有权责令其停止经营，并根据具体情况进行处罚。处罚主要分为以下几种情况：

1. 有违法所得的情况：

   • 若车辆非法营运获得了违法所得，执法部门会没收这些违法所得。
   • 同时，还会对违法所得处以2倍以上10倍以下的罚款。例如，如果非法营运获得了5万元的收入，那么除了没收这5万元外，还会面临10万到50万元之间的罚款。

2. 没有违法所得或违法所得不足2万元的情况：

   • 在这种情况下，车辆会被处以3万元以上10万元以下的罚款。

3. 构成犯罪的情况：

   • 如果非法营运的行为构成了犯罪，那么将依法追究刑事责任。

二、实际处罚考量因素

实际的处罚并不是一成不变的，执法部门在作出处罚决定时，会综合考虑多种因素，包括：

• 非法营运的具体情节，如营运的时间、地点、方式等。
• 非法营运造成的社会影响，如是否对乘客造成了损害，是否扰乱了道路运输市场秩序等。

执法部门会根据这些因素，依法依规作出合理的处罚决定，以维护道路运输市场的正常秩序，保障合法经营者和乘客的权益。

三、应对非法营运调查的建议

如果车辆被涉嫌非法营运，当事人应该积极配合调查，并提供相关证据来证明自己并未从事非法营运。例如：

• 提供合理的行程解释，说明车辆行驶的目的和路线。
• 证明乘车人的关系，如提供乘客的身份证明或乘车目的说明等。

如果当事人对认定结果有异议，可以在规定时间内申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。

综上所述，公司车如果进行非法营运，将会面临严格的处罚。因此，建议公司严格遵守道路运输管理法规，确保车辆合法营运，以避免不必要的法律风险和损失。