结论：若执行和解协议还款已履行完毕，但甲方不配合结案，乙方可以通过向法院申请确认执行和解协议履行完毕、申请强制结案、提起诉讼要求确认结案或申请恢复执行（若存在其他未履行事项）等方式来维护自己的权益。
分析说明：
向法院申请确认执行和解协议履行完毕：
- 乙方在还款履行完毕后，可以向执行法院提交相关证据，如还款凭证、和解协议等，申请法院确认执行和解协议已经履行完毕。
- 法院在审查证据后，若确认无误，会出具相应的法律文书，确认执行和解协议已履行完毕，并据此结案。
申请强制结案：
- 如果甲方无正当理由拒绝配合结案，乙方可以向执行法院提出申请，要求法院强制结案。
- 法院在审查后，若认为乙方的申请合理且符合法律规定，会依法作出结案决定，并可能对甲方采取相应的强制措施，如罚款、拘留等，以促使其配合结案。
提起诉讼要求确认结案：
- 在某些情况下，如果甲方的不配合行为给乙方造成了损失或影响了乙方的合法权益，乙方可以考虑向法院提起诉讼，要求确认执行和解协议已履行完毕并结案。
- 法院在审理后，会根据事实和法律规定作出判决，确认执行和解协议的状态并决定是否结案。
申请恢复执行（若存在其他未履行事项）：
- 如果执行和解协议中除了还款事项外，还存在其他需要履行的事项，而甲方未履行这些事项，乙方可以向法院申请恢复执行。
- 法院在审查后，若认为存在恢复执行的必要，会依法恢复执行程序，并要求甲方履行剩余的执行事项。
后续行动建议：
- 收集证据：乙方应妥善保管还款凭证、和解协议等证据，以备在需要时向法院提交。
- 与甲方沟通：在采取法律行动前，乙方可以尝试与甲方进行沟通，了解其不配合结案的原因，并尝试通过协商解决问题。
- 咨询专业律师：虽然在此情境下我作为律师已经给出了建议，但具体操作时，乙方仍可根据实际情况向我进一步咨询，以确保自己的权益得到充分维护。
法律后果：
- 如果甲方无正当理由拒绝配合结案，可能会面临法院的强制措施，如罚款、拘留等。
- 如果乙方的合法权益因甲方的不配合行为受到损害，乙方有权要求甲方承担相应的赔偿责任。