核心结论：针对法院调解乙方还款后甲方不签还款协议的情况，可分以下几种情形处理：

1. 若调解过程有法院调解书
   若双方在法院主持下达成调解，法院已出具《民事调解书》并送达双方，则调解书自送达时即生效，无需甲方另行签署还款协议。调解书具有强制执行力，若乙方按调解书履行还款义务，甲方拒不配合确认（如出具收据等），乙方可留存转账记录、沟通记录等证据，证明已履行义务。若甲方后续反悔，乙方可凭调解书向法院申请强制执行或主张权利。

2. 若调解未形成正式调解书，仅达成口头或书面初步协议

   • 若协议未签字但乙方已实际还款：乙方可通过书面通知（如律师函、短信、邮件）要求甲方签署正式协议，并留存通知证据。若甲方仍拒绝，乙方可暂停后续还款（需确保已履行部分不违反调解约定），并向法院申请确认调解协议效力，或直接起诉要求甲方履行配合义务。
     
   • 若协议未签字且乙方未还款：乙方需谨慎处理，避免被甲方以“拒不履行”为由起诉。建议乙方主动联系法院或调解员，说明甲方拒绝签字的情况，请求法院介入督促或重新组织调解，固定调解成果。

3. 若甲方恶意拖延或拒签协议
   若甲方无正当理由拒签协议，可能构成对调解成果的破坏。乙方可：

   • 向法院申请强制执行：若已有调解书，直接申请执行；若无调解书，可起诉要求甲方按调解内容履行，并主张甲方承担违约责任（如赔偿乙方因拖延产生的损失）。
     
   • 留存证据：包括调解记录、沟通记录、乙方已履行部分的证据（如转账凭证、证人证言等），以证明乙方诚意及甲方过错。

建议行动步骤：

1. 立即整理所有调解相关材料（如调解笔录、初步协议草案、沟通记录等）；
   
2. 根据是否已有调解书，选择向法院申请执行或重新确认调解效力；
   
3. 若甲方拒不配合，可通过法律途径（起诉或申请执行）维护权益，同时避免自行停止履行导致被动。
   

如有进一步细节（如调解是否形成书面文件、乙方是否已部分履行等），可向我补充说明，我会为您分析具体操作方案。