结论：旷工扣款两倍工资一般是不合法的。以下从多个角度进行分析：
一、法律依据与合法性基础
《劳动法》规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三条，劳动者需遵守劳动纪律和职业道德。第五十条规定用人单位不得克扣或无故拖欠工资，但“无故”并不涵盖因劳动者过错导致的扣款情形。然而，这并不意味着用人单位可以随意扣款，扣款必须遵循法律规定和合理限度。
《工资支付暂行规定》支持：
- 第十六条明确规定，因劳动者本人原因给单位造成经济损失时，用人单位可扣除工资赔偿损失，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且剩余工资不得低于当地最低工资标准。这一条款为旷工扣款提供了直接依据，但并未授权用人单位可以扣款两倍工资。
二、合法扣除的条件限制
制度合规性要求：
- 扣款规则必须写入依法制定的规章制度；
- 制度需通过职工代表大会讨论并与工会协商确定；
- 必须向员工公示或告知具体条款。
扣款比例合理性：
- 通常按旷工天数×日工资计算扣款金额；
- 单次扣款不得超过月工资的20%；
- 扣款后实发工资不得低于当地最低工资标准。
- 旷工扣款两倍工资显然超出了这一合理比例限制。
证据链完整性：
- 需保留考勤记录、旷工通知送达凭证等书面材料；
- 建议采用EMS邮寄旷工告知函并留存回执；
- 通过短信、邮件等方式发送提醒时需确保能证明员工已接收。
三、违法风险与争议处理
法律风险点：
- 未公示的规章制度、超比例扣款、无证据支持的扣款均可能被认定为违法行为。例如，若公司未证明员工知晓考勤制度，其扣款主张可能被法院驳回。
维权途径：
- 员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。典型案例显示，某员工因旷工被扣发整月工资，仲裁委裁决公司返还超额扣款并支付经济补偿金。
四、实操建议
企业端操作要点：
- 建立完善的考勤管理制度；
- 确保扣款规则经过民主程序；
- 采用书面方式固定旷工事实；
- 扣款前履行告知义务，且扣款比例需合理。
员工端注意事项：
- 主动了解企业规章制度；
- 对旷工认定存在异议时及时申诉；
- 保留考勤异常的相关证据（如系统故障截图）；
- 若遭遇不合法扣款，可依法维权。
总结与建议：旷工扣款两倍工资一般是不合法的，因为这超出了法律规定的扣款比例限制，且可能违反公平原则。为避免法律风险，用人单位在制定相关规章制度时应谨慎行事，确保规定的合理性和合法性。同时，劳动者也应了解自己的权益和义务，在遇到不合理规定时及时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。