若盗窃案犯罪嫌疑人因严重疾病被监视居住，满6个月疾病仍未好转，司法机关通常会根据具体情况采取以下处理措施：

1. 延长监视居住期限或变更强制措施
   根据《刑事诉讼法》第79条，监视居住最长不得超过6个月。若期限届满但案件尚未办结，且犯罪嫌疑人仍符合监视居住条件（如严重疾病可能危及生命或生活不能自理），司法机关可报请原决定机关批准延长监视居住期限，但需严格审查必要性。
   若疾病持续恶化导致其不再具备社会危险性，或监视居住已无法达到目的（如无法配合调查），司法机关可能变更强制措施，例如改为取保候审（需满足“不致发生社会危险性”条件）或直接撤销强制措施（若案件证据不足或情节轻微）。

2. 终止监视居住的特殊情形
   若犯罪嫌疑人因疾病导致丧失诉讼行为能力（如昏迷、植物人状态），且无法恢复，司法机关可能依据《刑事诉讼法》第16条，以“其他不需要追究刑事责任”为由终止侦查或审查起诉。但需注意，若疾病系人为造成（如自伤自残），则不适用此条款。

3. 程序衔接与权利保障

   • 医疗保障：监视居住期间，犯罪嫌疑人有权获得必要医疗救治，司法机关需协调医疗机构提供治疗。
     
   • 家属通知：若变更强制措施或终止诉讼，司法机关应及时通知家属，并说明理由。
     
   • 救济途径：犯罪嫌疑人或家属对处理决定不服的，可依法向上级机关申诉或申请检察监督。

实务建议：

• 若疾病持续未愈，建议家属或辩护律师及时向司法机关提交医疗证明，主张变更强制措施或终止诉讼。
  
• 需重点审查疾病与案件关联性（如是否因犯罪行为导致），以及监视居住期间是否遵守规定（如未经批准不得离开住所），这些因素可能影响处理结果。
  

如有进一步细节（如疾病类型、案件进展等），可向我补充说明，以便更精准分析。