机关食堂采购进出账单保管不善导致灭失，是否构成违纪需分情况讨论，具体分析如下：

1. 若因故意或重大过失导致账单灭失，可能构成违纪
   根据《中华人民共和国公职人员政务处分法》第三十九条，公职人员在管理公共财物过程中存在“滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊”等行为，造成公共财产损失或不良影响的，应给予政务处分。若账单灭失是因工作人员故意销毁、隐匿，或因严重不负责任（如未按规定归档、长期放置于无保护环境等）导致，可能被认定为“玩忽职守”，进而构成违纪。

2. 若因一般过失或不可抗力导致账单灭失，通常不构成违纪
   若账单灭失是因意外事件（如火灾、水灾）或非主观因素（如系统故障且已及时采取补救措施），且工作人员已尽到合理保管义务（如定期备份、按流程存放），则一般不构成违纪。但需注意，若未及时采取补救措施（如未报告、未尝试恢复数据），可能因“未履行职责”被追究轻微责任。

3. 需结合具体情节和单位制度综合判断
   机关单位通常有内部财务管理制度（如《行政事业单位会计制度》），明确要求对采购单据等原始凭证进行妥善保管（一般不少于10年）。若单位制度对保管责任有更严格规定（如指定专人负责、设置双备份等），违反制度且导致账单灭失的，可能被认定为“违反工作纪律”，即使未造成实际损失，也可能受到批评教育、诫勉等处理。

建议：若账单灭失已发生，应立即采取以下措施：

• 报告上级并说明情况，尝试通过其他途径（如供应商留存单据、电子记录等）补证；
  
• 配合调查，如实说明保管过程中的细节（如是否按流程操作、灭失原因等）；
  
• 完善后续保管制度，避免类似问题再次发生。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的责任认定问题。