在职员工患重病时，公司商业险是否有赔偿以及是否合法，这主要取决于商业险的具体条款以及员工患病的性质。以下是对此问题的详细分析：

一、商业险的赔偿问题

1. 商业险条款：

   • 公司为员工购买的商业险，其赔偿范围和条件通常由保险合同具体约定。因此，首先需要查阅保险合同，了解其中关于疾病赔偿的具体条款。
   • 如果保险合同中明确规定了对于员工患重病时的赔偿条款，如医疗费用报销、住院津贴等，那么员工在符合条件的情况下有权获得相应的赔偿。

2. 赔偿的合法性：

   • 只要保险合同是双方自愿签订，且内容不违反法律法规的强制性规定，那么该合同就是合法有效的。
   • 公司按照保险合同约定向员工支付赔偿，是履行合同义务的行为，具有合法性。

二、员工患病性质的影响

1. 工伤情况：

   • 如果员工在工作中受伤或因工作原因导致疾病，且该疾病被认定为工伤，那么员工不仅有权获得商业险的赔偿（如果保险合同中有相关条款），还有权按照《工伤保险条例》及相关规定获得工伤保险的赔偿。
   • 工伤保险的赔偿包括医疗费用、停工留薪期工资、伤残津贴及补助金、生活护理费等。

2. 非工伤情况：

   • 如果员工的疾病与工作无关，属于普通疾病，那么公司通常没有法定的补偿义务（除了按照劳动合同约定支付病假工资或疾病救济费外）。
   • 在这种情况下，员工能否获得商业险的赔偿，仍然取决于保险合同的具体条款。

三、建议与注意事项

1. 查阅保险合同：

   • 员工应首先查阅公司购买的商业险合同，了解其中关于疾病赔偿的具体条款和条件。

2. 咨询保险公司：

   • 如果对保险合同条款有疑问或不清楚如何申请赔偿，可以咨询保险公司或专业的保险代理人。

3. 了解工伤保险：

   • 如果员工认为自己的疾病可能与工作有关，可以咨询当地社保部门或专业律师，了解是否符合工伤认定的条件，并申请工伤认定。

4. 保留相关证据：

   • 在申请赔偿或认定工伤时，员工应保留好相关的医疗证明、工作记录等证据，以便在需要时提供证明。

总结来说，在职员工患重病时，公司商业险是否有赔偿以及是否合法，主要取决于保险合同的具体条款以及员工患病的性质。如果保险合同中有相关赔偿条款且员工符合条件，那么员工有权获得赔偿；同时，如果员工患病被认定为工伤，还有权获得工伤保险的赔偿。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。