企业若不在发改部门进行设施农业项目的备案，可能会面临一系列的问题和后果。以下是对此问题的详细解答：
首先，我们需要明确设施农业项目的备案制度。设施农业用地，包括直接用于作物种植和畜禽水产养殖的设施用地，其性质属于农用地，按农用地管理。尽管这类用地不需办理建设用地手续，但备案是确保项目合规性、便于管理和监督的重要环节。备案内容通常涵盖单位名称、地址、法定代表人、主要业务类型、设施规模等关键信息，有助于政府部门全面了解设施农业项目的实际情况。
若企业未按规定进行备案，可能会面临以下后果：
行政处罚：根据相关法律法规，如《粮油仓储管理办法》等，未在规定时间内向粮食行政管理部门备案，或者备案内容弄虚作假的，政府部门有权责令企业改正，并予以警告。若企业拒不改正，还可能面临罚款等行政处罚。例如，在某粮食企业的案例中，因未按规定办理备案变更手续，被处以行政警告处罚。
项目合规性受质疑：未备案的设施农业项目，其合规性可能受到质疑。在项目审批、资金扶持、政策优惠等方面，未备案项目可能无法享受相关待遇，甚至可能面临项目被叫停、拆除等风险。
影响企业信誉：未备案行为可能损害企业的信誉和形象，影响企业与政府部门、合作伙伴及消费者的关系。在日益重视合规经营的市场环境下，企业信誉的受损可能对其长期发展产生不利影响。
法律风险增加：若企业未备案且涉及改变农用地性质、非法占地等违法行为，将面临更严重的法律后果。根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，非法占地行为可能面临罚款、没收违法所得、责令退还土地等处罚，甚至可能涉及刑事责任。
为了避免上述后果，企业应积极履行备案义务，确保设施农业项目的合规性。具体来说，企业应在项目设立或开始从事相关活动之日起规定时间内，向所在地粮食行政管理部门或相关政府部门进行备案，并按照要求提供真实、完整的备案信息。同时，企业还应密切关注政策动态，及时了解备案要求的变化，确保项目始终符合政策规定。
总之，企业不在发改部门进行设施农业项目的备案，可能会面临行政处罚、项目合规性受质疑、影响企业信誉和增加法律风险等后果。因此，企业应积极履行备案义务，确保项目的合规性和稳健发展。