员工自动离职的情况下，用人单位仍然应当为其开具离职证明。以下是详细分析：

1. 法律义务角度
   根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条规定，用人单位应当在解除或终止劳动合同时出具离职证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。这里的“解除或终止劳动合同”包括员工主动离职（自动离职）、协商解除、用人单位单方解除等所有情形。因此，开具离职证明是用人单位的法定义务，不因员工离职方式不同而免除。

2. 自动离职的特殊性处理
   若员工未提前30日书面通知即擅自离职（即“自动离职”），用人单位仍需履行开具离职证明的义务，但可依法主张员工承担违约责任（如未提前通知导致的损失赔偿）。不过，离职证明的内容应仅限于客观事实（如入职时间、离职时间、工作岗位等），不得包含主观评价（如“擅自离职”“严重违纪”等），否则可能涉及侵犯劳动者名誉权。

3. 实务建议

   • 对用人单位：即使员工自动离职，也应及时开具离职证明，避免因未履行法定义务被劳动者投诉或起诉（可能面临行政处罚或赔偿损失）。若员工未办理交接手续，可通过其他途径（如暂扣工资、提起仲裁）主张权利，但不得拒绝开具离职证明。
     
   • 对劳动者：若用人单位拒开离职证明，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位履行义务并赔偿因未开具证明导致的损失（如无法入职新单位的工资损失）。

总结：自动离职不影响离职证明的开具义务，用人单位必须依法履行。若双方因此产生纠纷，建议通过协商、投诉或仲裁等合法途径解决。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。