结论：非法营运小车被大货车主责追尾，保险公司是否拒赔需分情况讨论，主要取决于保险合同条款、事故责任划分及非法营运事实的认定。以下从不同角度展开分析：

1. 保险合同条款的效力

• 商业险拒赔风险：若小车投保的是商业第三者责任险或车损险，保险合同中通常明确约定“非法营运”属于免责条款（如《机动车商业保险示范条款》第二十四条）。若保险公司能证明已尽到提示说明义务（如投保单签字确认、条款加粗提示），则可能以“改变车辆使用性质导致危险程度显著增加”为由拒赔。
• 交强险的例外：交强险具有强制性，其免责范围仅限于“受害人故意制造事故”或“驾驶人未取得驾驶资格、醉酒、被盗抢期间肇事、故意制造事故”等法定情形。非法营运本身不属于交强险免责事由，因此交强险仍需在限额内赔偿第三方损失（如大货车车损或人员伤亡）。

2. 事故责任与因果关系

• 主责追尾的认定：若交警认定大货车负主责（如未保持安全距离、超速等），则大货车方的保险公司需在交强险和商业三者险范围内承担主要赔偿责任。小车方的非法营运行为可能影响其自身损失的赔偿比例，但不影响大货车方对第三方（如小车乘客）的赔偿责任。
• 小车自身损失的赔偿：若小车方主张自身车损或人员伤亡赔偿，其非法营运行为可能导致商业险拒赔，但需进一步分析：
  • 若非法营运与事故无直接因果关系（如大货车突然变道导致追尾），保险公司仍可能拒赔，但小车方可尝试主张保险公司未尽到免责条款提示义务；
  • 若非法营运增加了事故风险（如超载、疲劳驾驶），保险公司拒赔概率较高。

3. 非法营运的举证责任

• 保险公司需证明小车存在非法营运事实（如载客收费记录、乘客证言等）。若无法举证，则不能以“非法营运”为由拒赔。
• 小车方若能证明事故与营运行为无关（如空车行驶、非营运目的），可能削弱保险公司的拒赔理由。

4. 实务建议

• 小车方：
  1. 立即固定证据（如行车记录仪、现场照片、交警认定书）；
  2. 核查保险合同条款，确认免责条款是否生效；
  3. 若保险公司拒赔，可向银保监会投诉或提起诉讼，主张免责条款无效或事故与营运无关。
• 大货车方：
  1. 无需因小车非法营运而减轻自身赔偿责任（交强险和商业三者险仍需赔付第三方）；
  2. 若小车方索赔自身损失，可要求保险公司抗辩或直接拒绝赔偿。

总结：保险公司是否拒赔需结合保险类型、合同条款、事故因果关系及非法营运证据综合判断。建议双方根据具体情形咨询专业律师，通过法律途径明确责任划分和赔偿范围。