结论：货车“营转非”后发生保险事故，小额赔付后大额赔偿是否会被拒赔不能一概而论，需结合具体情况判断，以下分情况说明：

1. 保险合同条款的明确约定

   • 如果保险合同中明确约定了车辆使用性质变更（如“营转非”）后，保险公司对于某些特定类型事故或特定金额以上的赔偿有权拒赔，且该条款不存在《保险法》规定的无效情形（如免除保险人依法应承担的义务、加重投保人或被保险人责任、排除投保人或被保险人依法享有的权利等），那么在符合该条款约定的情况下，保险公司可能会依据合同拒赔大额赔偿。例如，合同约定“营转非”车辆在变更后一定期限内发生事故，对于超过一定金额的赔偿不予赔付，若事故发生在该期限内且赔偿金额超过约定限额，保险公司可能拒赔。
   • 若保险合同中没有此类关于“营转非”后大额赔偿拒赔的明确约定，保险公司不能仅以车辆“营转非”及已小额赔付为由拒赔大额赔偿。

2. 车辆“营转非”是否履行了告知义务

   • 根据《保险法》规定，投保人、被保险人或者受益人知道保险事故发生后，应当及时通知保险人。同时，在车辆使用性质发生变更（“营转非”）时，投保人也有义务及时通知保险公司。如果投保人未履行该告知义务，影响了保险公司决定是否同意承保或者提高保险费率的，保险公司有权解除合同，并且在合同解除前发生保险事故的，不承担赔偿或者给付保险金的责任，但若保险公司知道或者应当知道解除事由之日起超过三十日未行使解除权，或者自合同成立之日起超过二年的，不得解除合同，发生保险事故的，保险公司应当承担赔偿或者给付保险金的责任。所以，如果因未履行“营转非”告知义务，且在保险公司可解除合同的期限内，保险公司可能拒赔大额赔偿；若已过可解除期限，保险公司则应承担赔偿责任。
   • 若投保人已按照规定履行了“营转非”的告知义务，保险公司同意继续承保或者调整保险费率后，在保险期间内发生保险事故，保险公司应按照合同约定进行赔偿，不能无故拒赔大额赔偿。

3. 事故原因与保险责任范围

   • 即使车辆“营转非”且已小额赔付，但如果大额赔偿所对应的事故原因不属于保险合同约定的保险责任范围，例如事故是由于被保险人故意制造、战争、军事冲突等原因导致的，保险公司有权拒赔。
   • 若事故原因在保险责任范围内，且不存在其他拒赔情形，保险公司应按照合同约定对大额赔偿进行赔付。

4. 是否存在骗保等违法行为

   • 如果在保险事故发生过程中存在被保险人、受益人骗保等违法行为，例如伪造事故现场、提供虚假证明材料等，无论车辆是否“营转非”以及之前是否小额赔付，保险公司都有权拒赔大额赔偿，并且可能会追究相关人员的法律责任。
   • 若不存在此类违法行为，保险公司应依据合同和法律规定处理赔偿事宜。

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体情况为你详细分析。